香菇菌種
菌絲潔白、粗壯、舒展、均勻，邊緣整齊，生長(zhǎng)速度快；在瓶壁呈扇面羽毛狀發(fā)展，生長(zhǎng)健壯，會(huì)分泌醬油色的水珠。菌絲長(zhǎng)滿瓶后，10~15天內(nèi)常見(jiàn)到琥珀色透明液體，并具有香菇特有的芳香氣味，無(wú)臭味和霉味。
如瓶?jī)?nèi)菌絲柱與瓶壁脫離，說(shuō)明培養(yǎng)料水分過(guò)多所致；若既脫離，菌絲柱又開(kāi)始萎縮，表面菌皮增厚并變?yōu)樯詈稚f(shuō)明菌種已開(kāi)始老化，不能久存，應(yīng)立即使用。
若菌種柱表面已出現(xiàn)小菇蕾，是好菌種的特征之一，應(yīng)去掉菇蕾盡快使用；若出現(xiàn)大量菇蕾，則說(shuō)明菌齡較大已老化，不宜使用。
如果菌種瓶?jī)?nèi)可以看到木顆粒，是培養(yǎng)時(shí)間不足，應(yīng)再繼續(xù)培養(yǎng)一段時(shí)間。若所用的米糠質(zhì)量太差（含谷殼太多），致使菌絲生長(zhǎng)不良，應(yīng)更換培養(yǎng)基，重新生產(chǎn)。
草菇菌種
菌絲密集，健壯，分布均勻，透明，有光澤，呈淡黃白色。有大量黃白色或銹紅色的厚恒孢子堆，為正常的小粒草菇菌種；若厚孢子較少，為大粒草菇菌種。
若瓶?jī)?nèi)菌絲萎縮、凋零，生長(zhǎng)無(wú)力，培養(yǎng)基干涸或腐爛，為老化菌種，不能使用。
若菌絲潔白、濃縮或瓶?jī)?nèi)長(zhǎng)出墨汁狀傘菌為鬼傘，也不能使用。
栽培種的菌齡一般不超過(guò)20天。
若菌種中出現(xiàn)螨害，應(yīng)予淘汰。
黑木耳菌種
菌絲潔白，像細(xì)羊毛狀，毛短整齊，濃密，粗壯有力，齊頭并進(jìn)地延伸直至瓶底，生長(zhǎng)均勻，上下一致，挖出來(lái)成塊，不松散。
菌絲長(zhǎng)滿瓶后，在菌體表面一般會(huì)分泌出褐色水珠。以后在瓶壁四周和表面出現(xiàn)淺黃色透明膠質(zhì)耳芽。
菌種柱與瓶壁緊貼，瓶?jī)?nèi)壁附有少量白色水珠的為新鮮菌種。若瓶底有淺黃色積水，菌柱離壁干縮，為老化菌種，不能使用。
正常的菌種有黑木耳特有的芳香氣味，若有臭味和霉味，或出現(xiàn)斑塊狀及球狀不發(fā)菌的現(xiàn)象，是細(xì)菌污染，若有其它紅、綠、黃、黑等色，說(shuō)明已被雜菌污染，也不能使用。
培養(yǎng)基與瓶壁之間若出現(xiàn)淺黑色的膠質(zhì)物（耳基），說(shuō)明是早熟或擴(kuò)接次數(shù)過(guò)多的菌種，栽培后耳片小，數(shù)量多，不易長(zhǎng)大，品質(zhì)差，產(chǎn)量低，應(yīng)予淘汰。
若瓶?jī)?nèi)可以看到木顆粒而菌絲很少，說(shuō)明培養(yǎng)時(shí)間太短，應(yīng)繼續(xù)培養(yǎng)。若培養(yǎng)一段時(shí)間后沒(méi)什么顯著變化，說(shuō)明培養(yǎng)基營(yíng)養(yǎng)不足，應(yīng)予補(bǔ)充。
如果菌種長(zhǎng)至一半左右或一個(gè)角落不再繼續(xù)生長(zhǎng)，可能是太干或太濕之故。若菌絲生長(zhǎng)整齊，濃密，突然出現(xiàn)稀疏，并有一明顯的分界，說(shuō)明上部料適中，下部壓得過(guò)實(shí)過(guò)密。
種木和枝條菌種的表面和內(nèi)部均應(yīng)長(zhǎng)滿白色綿狀菌絲，若剖開(kāi)后不見(jiàn)菌絲，說(shuō)明種木和枝條太濕，菌絲發(fā)育時(shí)間太短，應(yīng)繼續(xù)培養(yǎng)。
銀耳菌種
香灰菌絲呈羽毛狀，生長(zhǎng)健壯，初期分布均勻，白色，后期在耳基下方出現(xiàn)成束根狀分布，表面黑色疤圈多，無(wú)其他色斑，說(shuō)明香灰菌生長(zhǎng)良好。
銀耳菌絲深入培養(yǎng)基即“吃”料深，在耳基下方有厚厚的一層銀耳菌絲，木屑顏色變淡，說(shuō)明菌絲分解力強(qiáng)。
銀耳菌絲和香灰菌絲二者比例適中，在培養(yǎng)基表面形成潔白體大的白毛團(tuán)。白毛團(tuán)生長(zhǎng)旺盛，耳基大，說(shuō)明菌齡小，生活力強(qiáng)，適合木段栽培；若白毛團(tuán)很小、很多，或瓶?jī)?nèi)很快出現(xiàn)子實(shí)體，說(shuō)明擴(kuò)接次數(shù)過(guò)多，菌齡過(guò)大；若白毛團(tuán)易膠質(zhì)化變?yōu)樾∧径f(shuō)明菌種已接近生理成熟，均宜代用料栽培。
若香灰菌稀疏，不深入培養(yǎng)料中，子實(shí)體呈膠團(tuán)狀或膠刺狀，不開(kāi)片，說(shuō)明培養(yǎng)基太濕或裝得過(guò)實(shí)。
如果已有羽毛狀的香灰菌，沒(méi)有白毛團(tuán)，則必須如銀耳酵母狀分生孢子才能使用，否則不能使用。
如果上半瓶菌絲稀疏或消失，下半瓶菌絲生長(zhǎng)正常，而且耳基變淡紅色，產(chǎn)生大量紅褐色液體，多半是發(fā)生螨害。若發(fā)現(xiàn)白色絮狀菌膜，則為雜菌污染，均不能使用。
蘑菇菌種
優(yōu)良蘑菇菌種的菌絲為灰白色，密集，蓬松，呈細(xì)絨狀，上下內(nèi)外生長(zhǎng)均勻一致，抗高溫，抗病蟲雜菌，吃料快，無(wú)扇形變異。匍匐型菌種的菌絲呈細(xì)絨狀分布，無(wú)黃白色的菌被。
培養(yǎng)料中的菌絲呈粗索狀或細(xì)線狀，呈淡黃色。菌絲干癟萎縮，生長(zhǎng)無(wú)力，或者上方出現(xiàn)很厚的黃白色菌被，均為老化菌種。
出現(xiàn)綠、黃、黑或桔紅色等染菌孢子的菌種必須淘汰燒掉。
培養(yǎng)基上部菌絲干縮變質(zhì)，下部菌絲生長(zhǎng)良好，說(shuō)明培養(yǎng)基太干，培養(yǎng)溫度過(guò)高。
若培養(yǎng)料中幾乎見(jiàn)不到菌絲，內(nèi)容物成糊狀，說(shuō)明溫度過(guò)大，菌種過(guò)老，不能使用。
猴頭菌種
優(yōu)良的猴頭菌種，菌絲潔白、濃密、粗壯，上下內(nèi)外生長(zhǎng)均勻一致。在培養(yǎng)料上容易形成子實(shí)體。
若菌絲干縮或瓶底有黃色黏液積存，為老化菌種，不能使用。
菌絲生長(zhǎng)緩慢無(wú)力、纖細(xì)，可能是培養(yǎng)料酸度不夠或有機(jī)氮不足，應(yīng)在培養(yǎng)料中增加麩皮或細(xì)米糠的用量，以改善菌種的營(yíng)養(yǎng)條件。
被雜菌污染的菌種不能使用
平菇菌種
優(yōu)良的平菇菌種，菌絲潔白、粗壯、密集，菌絲生長(zhǎng)均勻、整齊，呈粗羊毛狀，爬壁性強(qiáng)。培養(yǎng)半個(gè)月左右，在瓶壁內(nèi)可形成少量珊瑚狀的小菇蕾或白色原基。
多數(shù)品種在培養(yǎng)基上方表面形成絨毛狀氣生菌絲，低溫品種氣生菌絲常分泌黃褐色色素，特別是在高溫季節(jié)，低溫品種常出現(xiàn)紅褐色或黃褐色的氣生菌絲或黃水，這屬正常現(xiàn)象。
若培養(yǎng)基上方出現(xiàn)大量珊瑚狀子實(shí)體或從瓶蓋縫隙處長(zhǎng)出子實(shí)體，說(shuō)明菌齡過(guò)大，應(yīng)盡快使用。若培養(yǎng)基干縮，瓶底積存黃水，為老化菌種不能使用。
上部菌絲稀疏、灰暗、無(wú)力、干癟，下部菌絲正常，說(shuō)明初期培養(yǎng)溫度過(guò)高，通氣不良，或有細(xì)菌污染。如果出現(xiàn)黃、綠、桔紅色，說(shuō)明已被青霉、木霉和鏈孢霉污染，必須淘汰。
菌絲在瓶中生長(zhǎng)一半左右，不再向下生長(zhǎng)，說(shuō)明培養(yǎng)基過(guò)干、過(guò)濕、過(guò)緊，可用上部正常菌種，不再繼續(xù)培養(yǎng)。
金針菇菌種
菌絲呈絮狀，潔白、濃密、健壯、富有彈性。有時(shí)表面可見(jiàn)到粉狀的粉孢子，為優(yōu)良菌種。
如有堅(jiān)韌的菌膜出現(xiàn)，只要除去菌膜也可以使用。
如果菌種干涸，菌柱收縮或菌絲自熔，產(chǎn)生大量紅褐色液體，說(shuō)明菌種生活能力弱；如出現(xiàn)黃色，則說(shuō)明菌種老化。