（一）菌種的鑒定
菌種的質(zhì)量，對食用菌的產(chǎn)量和質(zhì)量影響極大。因此，在培育菌種時，要認(rèn)真對待，嚴(yán)格把關(guān)，選用優(yōu)良菌株，逐級擴(kuò)大。在投入生產(chǎn)之前，必須進(jìn)行菌種質(zhì)量的鑒定，并通過小面積的栽培試驗(yàn)，證實(shí)是優(yōu)良菌種后，再推廣使用。常用鑒別菌種質(zhì)量的方法，有以下幾種：
1.感官鑒別法 主要是通過肉眼觀察菌絲的生長情況和用鼻聞菌種的氣味等方式來鑒別菌種。一般優(yōu)良的菌種應(yīng)具有種性純，菌絲健壯，分枝濃密，生長整齊，無雜菌或老化現(xiàn)象，同時各具有該食用菌的香氣。但由于食用菌的種類和特性不同，對菌種質(zhì)量的要求也不一樣。
蘑菇的母種，要求菌絲灰白色，氣生菌絲少，貼生菌絲成細(xì)線狀分布，沒有黃白色菌被。原種和栽培種以菌絲生長強(qiáng)壯，灰白色，培養(yǎng)料變黃褐色，拔開瓶塞有蘑菇香氣的，為良好的菌種。如菌種收縮離開瓶壁，菌索過多，甚至出現(xiàn)黃褐色水分，則為放置時間過長，生活力差的菌種，不宜采用。
香菇的母種，要求菌絲潔白，是綿毛狀，生長快，分布均勻，無雜菌污染。原種和栽培種的菌絲體，如呈白色、健壯、富有彈性，種木仍保持硬實(shí)的，則為生活力強(qiáng)的菌種。如有子實(shí)體原基或茶褐色菌被出現(xiàn)，一般除去菌被，仍可應(yīng)用于生產(chǎn)。如菌種收縮過多，過于干燥或菌絲體自溶產(chǎn)生大量紅褐色水分，表明放置時間過長，生活力衰退，不宜采用。
銀耳的母種要求純白的銀耳菌絲和羽毛狀菌絲比例恰當(dāng)，分布均勻，表面有煙灰色斑紋。用作代料栽培的原種，要求銀耳菌絲菌齡較大的，白毛團(tuán)出現(xiàn)早，色白而結(jié)實(shí)，吃料不深，就很快吐淡黃色液滴，并迅速膠質(zhì)化。羽毛狀菌絲吃料達(dá)1/2～2/3瓶時，耳基開始增大，甚至開片。如用作段木栽培 的原種或栽培種則以銀耳菌絲菌齡較小，白毛團(tuán)大，吃料深，膠質(zhì)化遲的為較適合。
黑木耳的母種要求絨毛狀菌絲潔白，粗壯，無雜菌感染。原種和栽培種培養(yǎng)時間在三個月之內(nèi)，菌種與瓶壁緊貼，瓶內(nèi)壁附有少量白色水珠的為新鮮菌種。木屑菌種，上下內(nèi)外一致，已看不到木屑，瓶壁或表面有淺褐色膠質(zhì)物或耳芽。種木菌種，菌絲已深入到底層木塊和枝條內(nèi)部，拔去棉塞，可聞到菌種的清香氣，而無霉、臭氣者，均為正常的菌種。
草菇的母種要求菌絲密集，整齊、灰白色、透明狀，有大量或少量紅褐色厚垣孢子堆。原種和栽培種全瓶長滿白色透明，或淡黃白色透明的菌絲，分布均勻，有大量或無厚垣孢子，無雜菌感染，培養(yǎng)和保存時間在3個月之內(nèi)的為優(yōu)良的菌種。
猴頭菌種，菌絲濃密粗壯，顏色潔白。上下均勻，瓶面開始出現(xiàn)子實(shí)體的，均為生長旺盛的標(biāo)志。
2.分塊法 把菌種從培養(yǎng)瓶中挖出一大塊，按等分扒成兩塊、四塊、八塊，凡整塊多、碎屑少、菌絲布滿斷面或深入種木菌種的木塊或枝條內(nèi)部，為優(yōu)良菌種。
3.液體培養(yǎng)法 用2％的糖液100毫升，裝入三角瓶中，按常規(guī)方法滅菌后，移入黃豆粒大小菌種一塊，于25～28℃下培養(yǎng)一周，凡菌種塊四周菌絲生長快，濃密潔白，是棉絮狀，說明菌種生活力旺盛，若菌塊下沉，菌膜很薄，則生活力差。
4.栽培試驗(yàn) 為鑒別菌種的生產(chǎn)性能是否優(yōu)良；則要用瓶栽或盤栽，以便觀察子實(shí)體發(fā)生快慢、多少、朵大小、產(chǎn)量高低以及環(huán)境的適應(yīng)性和抗病抗蟲能力的強(qiáng)弱等。
（二）菌種的保存
無論是母種、原種或栽培種，如果未及時使用，其菌絲就會很快衰老，降低生產(chǎn)力，影響產(chǎn)量和質(zhì)量。因此，菌種必須進(jìn)行適當(dāng)?shù)谋４妗Ｆ淠康氖潜３志N的生活力，降低死亡速度，保持菌種原有的優(yōu)良性狀，防止退化，確保菌種純一，防止雜菌感染。
菌種保存的基本原理，主要是通過采用低溫、干燥與缺氧的條件，以中止菌種的繁殖，降低其新陳代謝，使之處于休眠狀態(tài)。菌種保存的方法很多，常用的為斜面低溫保存法，液體石蠟保存法等。有條件的還可采用冷凍真空干燥保存法。
1.斜面低溫保存法 這是最簡便最普通的保存方法。即將菌絲生長良好的斜面菌種，置于冰箱內(nèi)；在4℃左右低溫下保存；以后每隔2～3個月轉(zhuǎn)管移接一次。這種保存方法適于大多數(shù)食用菌菌種。但草菇菌種在5℃以下很快死亡；所以草菇的菌種，不斷放在冰箱中，置于室溫保存即可，每隔2～3個月，也須重新移接一次，防止菌種老化。為防止菌種在保存過程中積累過多的酸，在配制保存母種培養(yǎng)基時添加0.2％磷酸二氫鉀或0.02％碳酸鈣等鹽類，對培養(yǎng)其PH值的變化能起緩沖作用。
為了延長保存時間，試管口處要用塑料薄膜包扎，以防培養(yǎng)基干固。在農(nóng)村沒有冰箱設(shè)備的，可把母種試管，用石蠟封口，再用塑料薄膜包封，沉放于清涼的井底保存。
2.液體石蠟保存法 食用菌的菌絲體都可用此法保存，方法簡單，只在斜面菌種試管內(nèi)，注入一層已滅過菌的液體石蠟，注入量以高出斜面1厘米為宜，使菌種與空氣隔絕，降低其新陳代謝的活動，然后在棉塞外包以塑料薄膜，直立存放于室內(nèi)干燥處或低溫下保存，一般可保存一年以上。液體石蠟使用前，要在且公斤/厘米2的壓力下維持1小時，連續(xù)滅菌兩次。徹底滅菌后方可使用。滅菌后的液體石蠟，由于有水蒸氣滲入，會影響菌種保存質(zhì)量，因此，需要放在44℃烘箱中，烘烤數(shù)小時，使水蒸氣蒸發(fā)。在室溫下也可以，不過所需的時間要長些。
使用液體石蠟菌種時，只要用接種計(jì)從斜面上挑取少許菌體，放在新鮮的培養(yǎng)基上；經(jīng)過培養(yǎng)，即可應(yīng)用。原種則重新蠟封，繼續(xù)保存。
3.木屑試管菌種保存法 用雜木屑按原種的培養(yǎng)基配制裝入大號試管，容量為管高的三分之二，擦凈管口塞緊棉塞，用牛皮紙包扎管口后高壓滅菌，然后移入母種，在25～28℃下培養(yǎng)，待長滿菌絲后，立即移到低溫干燥環(huán)境保存、或埋于尿素、硝酸銨或地洞中保存，效果更好，并能延長保存時間。
原種和栽培種培養(yǎng)好后，應(yīng)立即用于擴(kuò)接栽培種或栽培生產(chǎn)，不宜保存過久，時間越長，生活力越差，也越容易感染雜菌。若因特殊情況不能及時使用，原種瓶口用牛皮紙包好，置4～14℃條件下可保藏一年左右。栽培種短期保存也可放于陰涼、干