小鼠對環境的適應性的自體調節能力和疾病抗御能力較其他實驗動物差，而小鼠的品種和品系繁多，各個品種和品系都有自己的特殊要求，因此必須根據實際情況給予一個清潔舒適的生活環境。不同等級的小鼠應生活在相應的設施中。
小鼠臨界溫度為低溫10℃，高溫37℃，溫度中性范圍30～33℃。飼養環境控制應達到如下要求：溫度18～29℃；相對濕度40～70％；最好控制在18～22℃,濕度50～60％。一般小鼠飼養盒內溫度比環境高1～2℃，濕度高5～10％。
要保持溫度、濕度相對穩定，日溫差不超過3℃,否則會直接影響小鼠的生長發育、生產繁殖、甚至導致小鼠發生疾病，從而影響實驗結果。溫濕度的相對穩定對于建筑條件較差的地方可用空氣調節器、加濕器、在北方用暖氣進行調節。為了保持室內空氣新鮮，氨濃度不超過20ppm，換氣次數應達到10～20次／小時。
現在我國普遍采用無毒塑料鼠盒，不銹鋼絲籠蓋，金屬籠架。籠架一般可移動，并可經受多種方法消毒滅菌。用清潔層流架小環境控制飼養二、三級小鼠不失為一種較好的方法。籠盒既要保證小鼠有活動的空間，又要阻止其啃咬磨牙咬破鼠盒逃逸，便于清洗消毒。帶濾帽的籠具可減少微生物生物污染，但籠內氨氣和其它有害氣體濃度較高。有時影響實驗結果的準確性。飲水器可使用玻璃瓶、塑料瓶，瓶塞上裝有金屬或玻璃飲水管，容量一般為250ml或500ml。
墊料是小鼠生活環境中直接接觸的鋪墊物，起吸濕（尿）、保暖、做窩的作用。因此墊料應有強吸濕性、無毒、無刺激氣味、無粉塵、不可食，并使動物感到舒適。墊料必需經消毒滅菌處理，除去潛在的病原體和有害物質。一般墊料以闊葉林木的刨花或鋸末為宜，也可用玉米芯加工粉碎除塵后使用。
在實驗中切忌用針葉木（松、檜、杉）刨花做墊料，這類刨花發出具有芳香味的揮發性物質，可對肝細胞產生損害，使藥理和毒理方面的實驗受到極大干擾。
國外有專門的墊料生產企業，進行墊料的生產，而我國的墊料產業尚需開發。目前我國實驗動物部門大部分采用木材加工副產品如鋸末、刨花等，其來源、樹木種類很難控制，給實驗動物質量控制帶來很多不利影響。