小鼠的飼養管理非常繁瑣，要求飼養人員具有高度的責任心，隨時檢查小鼠狀況，出現問題立即加以糾正。為了使飼養工作有條不紊，必須將各項操作統籌安排，建立固定的操作程序，使飼養人員不會遺漏某項操作，同時也便于管理人員隨時檢查。
1. 飼喂
小鼠胃容量小，隨時采食，是多餐習性的動物。成年鼠采食量一般為3～7克／天，幼鼠一般為1～3克／天。應每周添料3～4次，在鼠籠的料斗內應經常有足夠量的新鮮干燥飼料，在小鼠大群飼養中，每周應固定兩天添加飼料，其它時間可根據情況隨時注意添加。
根據小鼠不同階段的生長發育特點，應有不同的給飼標準。由于種鼠群和生產鼠群交配繁殖頻繁，尤其生產種母鼠的負擔重，能量消耗大，因此除供給足夠的塊料外，還要定時飼喂少量葵花籽、麥芽和拌有雞蛋的軟料。葵花籽供應量為0.5～1克／天／只成年鼠。而麥牙和軟料由于微生物條件較難控制，目前趨于淘汰不用，而致力于顆粒料的全價營養，即用維生素合劑代替。
2. 給水
用飲水瓶給水，每周換水2～3次，成年鼠飲水量一般為4～7ml／天，要保證飲水的連續不斷，應常檢查瓶塞，防止瓶塞漏水造成動物溺死或飲水管堵塞使小鼠脫水死亡。小鼠在吸水過程中，口內食物顆粒和唾液可倒流入水瓶。為避免微生物污染水瓶，換水時應清洗水瓶和吸水管。嚴禁未經消毒的水瓶繼續使用。
3. 清潔衛生和消毒
每周應至少更換兩次墊料。換墊料時將飼養盒一起移去，在專門的房間倒墊料，可以防止室內的灰塵和污染。一級以上動物的墊料在使用前應經高壓消毒滅菌。
要保持飼養室內外整潔，門窗、墻壁、地面等無塵土。
堅持每月小消毒和每季度大消毒一次的制度。即每月用0.1 ％新潔爾滅噴霧空氣消毒一次,室外用3％來蘇爾消毒,每季度用過氧乙酸（0.2％）噴霧消毒鼠舍一次。籠具、食具至少每月徹底消毒一次，鼠舍內其它用具也應隨用隨消毒。可高壓消毒或用0.2 ％過氧乙酸浸泡。
應有周轉用房，在飼養室使用一年時，將小鼠全部移入，原飼養室徹底整修消毒。
4. 動物健康的外觀檢查
這是檢查動物健康狀況的一項常規工作。外觀判斷小鼠健康的標準是：①食欲旺盛；②眼睛有神，反應敏捷；③體毛光滑，肌肉豐滿，活動有力；④身無傷痕，尾不彎曲，天然孔腔無分泌物，無畸形；⑤糞便黑色呈麥粒狀。
5. 性別鑒別
成年鼠性別很易區分，雄鼠的陰囊明顯；雌鼠可見陰道開口和五對乳頭。
幼鼠或仔鼠則主要從外生殖器與肛門的距離判定，近者為雌，遠者為雄。另外，雌鼠肛門和生殖器之間有一無毛小溝，而雄鼠則在肛門和生殖器之間長毛。再者，雌鼠有比雄鼠明顯很多的乳頭。
6. 疾病預防
作為實驗動物，實驗前應健康無病，所以應積極進行疾病預防工作，而一旦發病則失去了作為實驗動物的意義。飼養繁殖過程中應注意下幾點：
（1）有疑似傳染病的小鼠應將整盒全部淘汰,然后檢測是否確有疾病，再采取相應措施。
（2）為了保持動物的健康，必須建立封閉防疫制度以減少鼠群被感染的機會。 即應注意以下幾點：
①新引進的動物必須在隔離室進行檢疫，觀察無病時才能與原鼠群一起飼養。
②飼養人員出入飼養區必須遵守飼養管理守則，按不同的飼養區要求進行淋浴、更衣、洗手以及必要的局部消毒。
③嚴禁非飼養人員進入飼養區。
④嚴防野生動物（野鼠、蟑螂）進入飼養區。