1.標記DNA探針 每次標準的反應可標記10ng至3μg線性的DNA,也可標記更大量的DNA,但所有的成分和體積要相應增加。
(1)DNA探針熱變性,煮沸10min,迅速冷卻于冰/乙醇中5min以上,待用。
(2)取Eppendorf管(1.5ml)置于冰上,加下列及試劑:
新鮮變性的DNA 1-3μg
六聚核苷酸混合物 2μl(管5)
dNTP標記用混合底物 2μl(管6)
加無菌重蒸水至 19μl
DNA聚合酶Ⅰ大片段(Klenow) 1μl(管7)
(3)在37℃保溫至少60min,可到20h。
(4)煮沸5min,終止反應。
(5)15000rpm離心30s,置于冰上待用。
2.預雜交 按100cm2膜用20~40ml預雜交溶液,預雜交時使溶液處于流動狀態。
預雜交液組成:5×SSC
0.5%(W/V)封阻試劑(管11)
0.1%(W/V)N-十二烷酰肌氨酸鈉
0.02%(W/V)SDS
膜放入塑料袋,灌入預雜交液,排除氣體后密封,在65℃預雜交過夜。
3.雜交 按100cm2膜用2.5ml雜交液,雜交時偶爾搖動雜交袋,使里面的溶液重新分配。
雜交液組成: 50%甲酰胺(V/V)
5%(W/V)封阻試劑
5×SSC
0.1(W/V)N-十二烷酰肌氨酸鈉
0.02%(W/V)SDS
新變性標記DNA(150ng/ml)
雜交液取代預雜交液,替換間膜不能干,成功地替換應是膜與塑料袋間形成一層雜交液膜。于42℃雜交過夜(16~20h)。
4.洗膜 按100cm2膜用250ml洗膜液計算。
(1)在室溫下用2×SSC/0.1%(W/V)SDS溶液漂洗,5min,2次。
(2)在65℃條件下用0.1×SSC/0.1%SDS溶液漂洗,10min,2次。
(3)在室溫下用2×SSC溶液漂洗1次。
5.免疫測定
(1)配制溶液
緩沖液1:Tris-HCl(100mmol/L);NaCl(150mmol/L)pH7.5(20℃)
緩沖液2:0.5%(W/V)封阻試劑(管11),配制于緩沖液1中(封阻試劑不會快速溶解,因此應預早1h前配制此溶液,將試劑溶于50~70℃,此溶液保持混濁)。
緩沖液3:Tris-HCI(100mmol/L);NaCI(100mmol/L);MgCI2(500mmol/L)pH9.5(20℃)。
緩沖液4:Tris-HCl(10mmol/l);EDTA(1mmol/L);pH8.0(20℃)
顯色溶液:新鮮配制,在10ml緩沖液3中,加45μlNBT溶液(管9)和35μlX-磷酸鹽緩沖液(管10)。
2. 顯色過程
A.膜在緩沖液1中短暫洗滌(1min)。
B.在100ml緩沖2中保溫30min。
C.再用緩沖液1短暫洗滌。
D.用緩沖液1稀釋的抗體結合物(管8)至150U/L(1:5000);稀釋后的抗體結合物在4℃只能穩定12h。
E.膜在20ml稀釋的抗體結合物溶液中保溫30min。
F.用100ml緩沖液1洗膜,以除去未結合的抗體結合物,15min,2次。
G.膜在緩沖液3中平衡2min。
H.在黑暗條件下,膜與10ml顯色溶液放入塑料袋內密封或放入合適的盒子內,幾分鐘內開始出現顏色,一般顯色反應在1天后全部完成。當顏色顯影時,不可振蕩或攪拌。
I.當要求的點或帶已被檢測時,可用50ml緩沖液4洗膜5min終止反應。
J.攝相。
說明:上述各反應均在室溫下進行,除了顯色反應外,均需振蕩或攪拌。
(五)排除實驗中問題的方法
1.DNA不能有效地被標記時考慮
(1)用酚/氯仿抽提和/或乙醇沉淀,重新純化DNA。
(2)標記反應的保溫時間延長(增至20h)。
(3)DNA變性或許不完全,這時對大片段DNA特別重要。
2.不能達到預期的靈敏度時考慮
(1)DNA標記率。
(2)增加標記DNA的濃度或增加雜交時間。
(3)顯色反應的時間可延長至3d。
3.若顯色時背景過深,可采取
(1)在雜交溶液中減少標記DNA量。
(2)增加雜交溶液的體積,使膜隨意漂浮在溶液中。
(3)某些類型的尼龍膜可能產生深色背景,因此可采用其它類型的尼龍膜或改用硝酸纖維素膜。
(4)在雜交和檢測過程中增加封阻試劑的濃度。