啤酒的細菌指標是啤酒衛生要求的重要內容，根據GB2957的規定，熟啤酒細菌總數≤50個／ml，大腸菌群≤3個／100ml。下面就瓶裝熟啤酒的細菌指標影響因素發表一點看法，望各位同行批評指正。
1．清酒的污染程度
在整個釀造過程中，細菌污染隨時都可發生。麥芽汁中雖含有一定防腐力的酒花樹脂，仍不免有污染；發酵過程更易受雜菌感染，清洗不徹底，最后的清洗水中也會存在雜菌；發酵后期的啤酒，含有一定量的酒精和較多的CO2，并處于厭氧、低溫、低PH值的條件下，對細菌生長不利，但仍難免有某些厭氣菌和微好氣菌污染；濾酒過程中由于過濾機及管路、清酒罐洗滌不徹底或補壓氣體污染均可造成清酒染菌。可以說，清酒染菌是瓶裝熟啤酒細菌超標的直接原因。
2．啤酒瓶的潔凈程度
啤酒瓶的潔凈程度對瓶裝熟啤酒的細菌指標有一定影響，尤其是用回收瓶。所以啤酒瓶必須經過選擇，浸洗瓶溫度、堿液濃度視瓶子污穢程度進行調整，使洗出的啤酒瓶無菌、無毒、無積水，且輸送距離短，才能保證用于灌裝的啤酒瓶細菌指標不超標。
3．灌裝設備的清潔程度
啤酒廠都對酒機物料管線進行堿液循環洗滌，當堿液濃度降低到一定程度后，就達不到洗滌效果。酒閥、酒缸等都是較難清洗的部件，特別是回氣管長期裸露于空氣中，即使灌裝完畢清洗干凈，一段時間后都有可能再污染。酒機激沫裝置必須定期清洗管路及過濾器。酒缸補壓的CO2或其它氣體必須凈化。灌裝設備及環境也必須潔凈，瓶裝熟啤的細菌指標才有可能不超標。
4．殺菌設備的運行情況
如清酒污染了大量高溫菌，即使殺菌機運行良好，瓶裝熟啤的細菌指標也會超標。但如果殺菌機溫度控制不當。殺菌機步移周期過短，或噴嘴堵塞。水量不足等會造成殺菌不徹底，成品瓶酒中細菌指標也可能超標。
5．啤酒中殘糖含量
瓶裝熟啤中細菌數量與殘糖含量有一定關系。如果啤酒殘糖含量低且殺菌徹底，熟啤的細菌指標就不會超標。
要從根本上解決細菌指標超標問題，必須規范操作，進行經常性的微生物檢驗和加強清潔滅菌工作，保持設備運行良好。只有這樣才能保證成品啤酒的衛生要求。