指二個以上系統之間有一部分基因不同而其它基因都相同的純系鼠，例如C57BL／10（H－2^b）系與DBA／2（H－2^d）系為不同的系統，但C57BL／10鼠的H－2基因用DBA／2的同基因置換了的B10．D2鼠，有H－2^d，但其它基因與C57BL／10是相同的，稱B10．D2與C57BL／10為同族。這種僅H－2基因不同的情況稱同族抵抗鼠（congenic resistant mou-se）。同族關系并不限與H－2基因有關，例如，C3H系與AKR系二者都為H－2^k，但其它基因則不同，例如T細胞特異抗原的Thy 1抗原，在C3H為Thy 1．2，而AKR為Thy 1．1，然而只將AKR的Thy 1．1用C3H的Thy 1．2置換成的AKR-Thy 1．2與原來的AKR系對Thy 1抗原之外的基因來說是同族系。關于形成同族鼠，以Thy 1抗原為例，用C3H與AKR交配，以后以Thy 1．2抗原之有無為指標，與AKR回交（10世代以上），這樣在Thy 1抗原以外之基因，便都成了AKR系。同族鼠只是特定的基因產物不同，所以一方的細胞或體液成分可使另一方免疫，可以產生對特定抗原的抗體或免疫反應細胞。這對現代免疫學是很大的貢獻。