組成蛋白質基本結構的多肽鏈兩端，原則上是一端有一個氨基末端殘基，另一端帶有一個羧基末端殘基。前者是將α氨基保持游離狀態的氨基酸殘基，后者是將α羧基保持游離狀態的氨基酸殘基。采用1-氟-2，4-二硝基苯的桑格（F．Sanger）的DNP法（DNP method），在歷史上是很著名的。該法可作為鑒定或定量分析位于氨基末端的氨基酸殘基的方法。也廣泛采用將DNP法超微量化的dansyl法（用5-二甲氨基萘磺酰氯）。Edman降解法是從氨基末端開始測定氨基酸排列順序的有效分析法。還可采用氨肽酶降解進行氨基末端分析。
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