內部生有孢子的囊狀生殖器官。亦稱芽孢囊。內部的孢子稱孢囊孢子。不同種的植物，其形狀多種多樣，一般當成熟時即裂開而散出孢子，也有的是由于囊的破裂或溶化而散出孢子。在同種植物中形成的孢子囊生成同樣的孢子時稱為同形孢子囊，如產生大小兩種孢子時則稱為異形孢子囊，后者分別為大孢子囊和小孢子囊，如水生蕨類和水韭。蘚類的孢子囊特稱為孢蒴。在種子植物中，胚珠相當于大孢子囊，花藥相當于小孢子囊。苔類的也有一種孢子囊。另外，有的藻菌類可產生極少數的、有時只含一個孢子的小型孢子囊（sporangiole）。蕨類植物的孢子囊有兩種，一是不和維管束直接通連的（一般蕨類）；另一是和維管束通連的，認為是頂枝的起源的，如扁葉石松（Lycopodium complanatum）、松葉蘭（Psilolum nudum）和陰地蕨（Botrychium ternatum）等。后一類和泥盆紀的蕨類化石古生松葉蘭類相當；前一類則和種子植物的花粉囊相當，因為它們有具異形孢子的小孢子囊。