簡稱本草。也可說是生物分類學的前期階段，重點是記載作為藥用的生物，有關這方面的書籍稱為本草書（herbal，德Krāuter buch），而從事這方面作的人稱為本草學家（herblist，herbalist）。一工世紀的P．Pioscorides在他的《藥物志》（De mater－ia mediea）書中，就收入了600種藥用植物。以后到了十三世紀的中葉， Ibn Baithar收集了藥用植物1400種，之后，進入了衰落時期。十六世紀O．Brun－fels在《生活草本圖譜》（Herbarium vivae eico－nes，1530）一書中開始使用其親自查明確定的植物圖。比利時的R．Dodonaeus（1517—1585）和C．Clusius（1526—1609），德國的V．Cordus（1515—1544）。瑞土的G．Bauhin，法國的J．Dalechamps（1513——1588）和M．lobe lius de l′Obel（1538—1618），意大利的A．CesalPino等都搞得很出色，到十七世紀后期，本草學已進展到了博物學的階段。在中國曾以尋求長生不老藥為中心而出現了本草學，其傳說的人物為神農。本草才發展成為書籍的形式是在后漢以后（公元一世紀）。在梁代（公元六世紀）本草書籍迅速增多，其中有名的是陶弘景的《神農本草經集注》，收入大約700種藥物，以后幾經增注更加完善。明萬歷6年（1578）李時珍完成了總共52卷的《本草綱目》，并于萬歷18年（1590）出版共記載了1892藥物，可謂集本草之大成。在日本，一般認為在奈良朝代以前雖從中國傳入醫方的同時也傳入了本草書，但在奈良時代通過遣唐使而將本草學傳入日本，則曾是盛行一時的，遂于公元701年開始設置本草教習和藥園，中國已經失傳的唐代《新修本草》，日本至今，還保存著圣武時代天平3年（731年）的手抄本。延喜年間（10世紀初）深江輔仁編集《本草和名》18卷，列舉了1025種藥物，對中國藥物給以日本名的鑒定。在本草圖方面，有文永4年西阿的《馬醫圖卷》和延慶3年（1310）的河東直麿的《國手十圖》。貝原益軒的《大和本草》 16卷（1709）收藥物1366種，其中有其自己的觀察認識，是本書的一個特色；另外小野蘭山的《本草綱目啟蒙》48卷（1741）是當時集植物知識之大成。在德川吉宗時代，野呂元丈開始記述西洋本草，以后C．P．Thun－berg和P．F．von Siebold來日本，為日本自然志的近代化奠下了基礎。伊膝圭介、宇田川榕庵等將本草學和洋本草學逐漸融合起來，從而產生了巖崎灌園的《本草圖說》96卷92冊、（1856）和飯詔慾的《草木圖說》30卷（1856），特別是后者已經成為了植物學。1884年（明治17年）隨著漢醫學的禁止，本草學急劇衰落，而博物學則興盛起來。