闡明異種生物之間或異種器官之間的生理機能的相似和不同，并考慮研究它們的系統關系的生理學的一個分支。長期停留在作為人體生理學研究的輔助手段的各種動物的生理過程的研究最初以比較生理學的形式成為具有獨立性格的一門科學。當時，它和比較發生學一樣大約是在19世紀初葉由繆勒（J．Müller）及其老師魯道費（K. A．Rudolphi）所創建。19世紀的研究成果，在進入20世紀后，由瓦因特斯泰因（E·winterstein，1910--25）和貝塞（A．Bethe 1925-32）集其大成。