亦稱模式菌株。在給某細菌定名,分類作記載和發(fā)表時,為了使定名準確和作為分類概念的準則,以純粹活菌(可繁殖)狀態(tài)所保存的菌種。相當于動植物分類中的模式標本。在進行細菌等的分類和鑒定時,生理學(xué)和生物化學(xué)特性十分重要,但若就這些性質(zhì)進行試驗,就必須應(yīng)用許多純分離的新細胞。因此,作為分類標準的菌種,也有必要進行純粹分離,并以活菌(可以分裂)狀態(tài)保存。在標準菌種中,對于從作過原始記載的作者實際分離或應(yīng)用的菌株,通過營養(yǎng)繁殖獲得和保存的菌株,稱為正標準菌株。此外,當原作者使用復(fù)數(shù)菌株,以后的研究者選擇其中之一作為最適當?shù)木陼r,稱該菌種為選定標準菌株。當原作者使用的菌株失掉,以后的研究者就新的菌株研究,記載后,確認可以作為國際上正標準菌株的代替菌株時,稱該菌株為新模式菌株。保存菌種時,必須留心不使菌株在保存過程中死亡或發(fā)生變異。目前最常用的保存方法是凍結(jié)干燥法。模式菌株應(yīng)由適當?shù)木N保存機構(gòu)保存。