也稱插入因子，是指能插入到細胞染色體和質粒上去的特殊的DNA短的順序。插入順序可分為I、Ⅱ、Ⅲ（IS1，IS2，IS3）。IS1約由800對核苷酸、IS2約由1400對核苷酸構成的。從大腸桿菌的染色體和F因子，λ噬菌體等上面可見到同一插入順序。這些順序一旦插入基因，不僅該基因失去了功能，并且也常對鄰接的基因群的功能產生極性效應。插入順序的來源還不清楚，它們的分布相當廣泛，現在如同對基因的重組，質粒插入寄主染色體，基因的缺失等過程一樣，正在研究有關插入順序間的重組。