又稱為主核（德Hauptkern）。原生動物的真纖毛蟲類是異形多核的，大的一個為大核，小的為小核。在功能上大核是營養核，其中含有的染色質為營養染色質；小核是生殖核，其中的染色質為生殖染色質。蛙片蟲（Opalina）等原纖毛蟲類的核在外觀上是同形多核的，但在核分裂時，每一個核中出現大染色體和小染色體，并各具有獨立的變化形式。因此，在這類生物中一般也認為大核和小核合起來構成一個核。在草履蟲類中，通常在分裂時，大核與小核一樣先都進行無絲分裂各成為二個，然后各自進入一個子細胞，但是當大核在結合或者自合時，原來的大核首先解體消失，并與以后發生的過程不發生關系。當結合或自合過程完成之后，從小核的一部分中可新生出大核。大核的形態是多種多樣的，有蠶豆形（草履蟲）、球形[腎形（纖）蟲屬（Col-poda）] 、馬蹄形（鐘形蟲）、念珠形（喇叭蟲）、橢圓形[豆形（纖）蟲（Colpidium ）] 、半環形[小瓜蟲屬（Ic hthyophthirius）] 等等。大核通常只有一個（但有例外，例如腹柱（纖）蟲屬（Ga－strostyla steini）中大小核各有二個），喇叭蟲的念珠形大核是由原來六個大核的原基合在一起構成的。