近交是指有親緣關系的個體間的交配或配子的結合，包括自交(selfing)、全同胞交配、半同胞交配、表兄妹間交配和回交等。自交是近交的極端類型，一般只出現在植物界中，動物界中是極其罕見的。同胞交配類似于自交，但純度低于自交。因為自交的雌雄配子都來自同一個個體，如果該個體是純種，則配子完全是相同的；同胞交配就不一定是完全相同的。

近交的一個最重要的遺傳效應就是近交衰退，表現為近交后代的生活力下降，適應能力減弱，抗病能力較差，或者出現一些畸形性狀。因此，在自然界中生存的動物和絕大多數植物都是遠交(outbreeding)的。但是，近交也有有利的一面。如自交或近交的后代純合性高，性狀比較整齊一致，如是作物就便于栽培管理。在經濟作物中近三分之一左右是白花授粉的，如水稻、小麥、大麥、豌豆、菜豆、馬鈴薯和煙草等。由于自花授粉需要的花粉量少，在惡劣條件下，比異花授粉更有利于繁衍后代，所以在自然選擇作用下，保留了一些自花授粉的植物，在長期進化過程中，逐漸消除了自交的不利影響，成為具有較強生活力和適應能力的穩定類型。近交退化的一個重要原因是這種交配方式提高了隱性基因純合個體的出現頻率。生物在長期進化過程中，有不良效應的基因多半以隱性基因狀態存在，以一定的頻率保留在群體之中，當近親交配時，群體中不同個體攜帶的隱性基因將有較多的機會形成純合子，從而表現出不良的隱性性狀。

近交的遺傳效應可用近交系數(coefficient of inbreeding)來表示，記作F。這是指一個個體從它的某一祖先那里得到一對純合的、等同的，即在遺傳上是完全相同的基因的概率。同一基因座上的兩個等位基因，如果分別來自無親緣關系的兩個祖先，盡管這兩個等位基因在結構和功能上是相同的，仍不能視作遺傳上是等同的；只有同一祖先的基因座上的某一等位基因的兩份拷貝，才算是遺傳上是等同的。

兩個有親緣關系的個體交配，這兩個個體有可能從共同祖先那里得到同一基因；這兩個近親交配的個體，又有可能把同一基因遺傳給下代。此時，下代個體得到的一對等位基因將不僅是純合的，而且在遺傳上是等同的。得到這樣一對遺傳上等同基因的概率就是近交系數。例如，一個雜合體Aa自交得到的下代中，有一半是雜合子，一半是純合子。純合子AA或aa，不僅是純合的，而且是遺傳上等同的，因為純合子的一對AA(或aa)，就是其雜種親本僅有的兩個等位基因中的一個(A或a)的兩份拷貝。自交第一代個體中，純合子占一半(1/2)，就是帶有遺傳上等同的兩個基因的個體所占比例，也就是近交系數。