不同對等位基因間的相互作用。主要有以下幾種情況。（1）基因相互蜃饔貌??灤宰矗喝緙?謨型愣剮停≒Prr）、玫瑰型（ppRR）、胡桃型（PpRr）和單片型（pprr）。讓純種豌豆型與純種玫瑰型雜交，F1既不是豌豆型，也不是玫瑰型，而是胡桃型；讓F1個體相互交配，F1為9/16胡桃冠（P-R-）、3/16豌豆冠（P-rr）、3/16玫瑰冠（ppR-）和1/16單片冠（pprr）。這里胡桃冠是顯性基因P和R相互作用產生的新性狀；單片冠是隱性基因pp和rr相互作用產生的新性狀。（2）互補作用：聾人相互結婚，子女有全聾的，也有全不聾的。有人推測這是因為聽力由一對以上基因控制，設一類聾人的基因型為aaBB，由隱性基因aa引起耳聾；另一類聾人可能是另一對基因不正常，如AAbb。相同基因型的聾人結婚，后代的基因型沒有變化，仍然是耳聾的；但若上述兩類不同基因型的聾人結婚，F1的基因型為AaBb，這樣的人就是不聾的。帶有AaBb基因型的人相互結婚，F1有9/16不聾（A-B-），7/16耳聾（3/16A-bb，3/16aaB-，1/16aabb），不聾的個體就是因為顯性基因A、B相互補充的緣故。（3）上位作用：即一對基因對另一A、B對基因的表現有掩蓋作用。例如影響西葫蘆的顯性白皮基因（W）對顯性黃皮基因（Y）有上位作用。當W基因存在時能掩蓋Y的作用，使西葫蘆表現為白色；缺少W時，y表現其黃色作用；如果W和Y都不存在，則y基因得到表現，西葫蘆為綠色。P白皮WWYY×綠皮wwyy
與顯性作用發生在同一對等位基因的兩個成員之間不同，上位作用發生于兩對不同等位基因之間。（4）抑制作用：例如玉米胚乳蛋白質層的雜交試驗顯出，白色×白色，F1為白色，F2表現為13白色：3有色。后來知道，蛋白質層的顏色是由色澤基因C和抑制基因I共同決定的，即：
基因I抑制了基因C，故表現為白色；同樣ccI-也是白色；ccii由于cc不能表現顏色，所以也是白色；只有C-ii才表現出有色。抑制作用與上位作用不同，抑制基因本身不能決定性狀，而顯性上位基因除掩蓋別的基因表現外，本身還能決定性狀。
