下列軟件大部分目前都已經有新的版本，軟件介紹僅供參考。
1. DNASIS 2.5
DNASIS for Windows 2.5版是日立軟件公司（Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.）97年推出的一個功能強大的序列分析軟件。包含有大部分分子生物學軟件的常用功能，可進行DNA，RNA，蛋白質序列的編輯和分析，甚至還能進行質粒作圖、數據庫查詢等功能，足可滿足一般實驗室的要求。

2. DNATools 5.1
DNATools設計的用戶友好、強壯，以便快速、方便地獲取、貯藏和分析序列及數據庫查詢獲得的序列相關信息。DNATools包容性很好，能把幾乎所有文本文件打開作為序列。當程序不能辨別序列的格式時（通過尋找常用序列格式的特征），會顯示這個文件的文本形式，以便你編輯生成正確的蛋白質或DNA序列，編輯后可以再被載入程序。若你的序列是DNATools格式時（DNA或寡核苷酸序列），程序不加注解的載入序列，程序模式調整成可以接受載入的數據類型（蛋白質、DNA和寡核苷酸引物序列）。在一個項目中可以加入幾千個序列或引物，并在整個項目中分析這些序列及標題。這個程序的一個特點是給每個序列或引物添加文本標題。這樣就可以用自定義的標題識別序列，而不必通過它們的文件名。為避免丟失數據-和你的工作-DNATools包括幾個挽救丟失數據的功能：一個5層的撤銷/重復功能，重新獲得原始序列的恢復功能，項目中加入新文件時的安全備份功能，以及在一定的時間間隔作完全備份或備份你的工。

3. DNAClub
DNA Club是一個簡單的對DNA進行與PCR有關的操作的軟件。它的功能有： 1、輸入DNA序列； 2、查找ORF序列； 3、把DNA翻譯成蛋白序列； 4、查找酶切位點； 5、查找PCR引物序列。 功能雖然都很簡單，但非常實用，一般的用戶都可以很方便地使用。

4. Premier5.0
是由加拿大的Premier公司開發的專業用于PCR或測序引物以及雜交探針的設計和評估的軟件，和Plasmid Premier2.02一起是該公司推出的最新的軟件產品。其主要界面同樣也是分為序列編輯窗口（Genetank），引物設計窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和Motif分析窗口。這里我們主要介紹其引物設計功能，顧名思義，該軟件就是用來進行引物設計的。可以簡單地通過手動拖動鼠標以擴增出相應片段所需的引物，而在手動的任何時候，下面顯示各種參數的改變和可能的二聚體、異二聚體、發夾結構等。也可以給定條件，讓軟件自動搜索引物，并將引物分析結果顯示出來。而且進行這些操作非常簡單。其功能絕不在Oligo 5.0之下！

5. GeneDoc 3.2
GeneDoc能用用亮麗的色彩來區分相互間序列的同源性，輸出的格式一目了然，而且可以報告為進化樹的格式。選擇項多，可以達到所需的要求。功能多又強，但要完全掌握，并不是很輕松的事。

6. MACAW 2.05
MACAW 是多序列構建與分析工作臺軟件(Multiple Alignment Construction & Analysis Workbench, MACAW)是一個用來構建與分析多序列片段的交互式軟件。MACAW具有幾個特點：1. 新的搜索算法查尋類似區，消除了先前技術的許多限制。2. 應用一個最近發展的數學原理計算block類似性的統計學顯著性。3. 使用各種視圖工具，可以評估一個候選block包含在一個多序列中的可能性。4． 可以很容易地編輯每一個block。在多序列中查找一個類似片段并不是一件簡單的事，主要是因為要查找的量極大。這正式MACAW所要解決的問題。

7. Clustal X
Clustal X 用來對核酸與蛋白序列進行多序列比較（multiple sequence alignment）的軟件。多序列比較在分子生物學中是一個基本方法，用來發現特征序列，進行蛋白分類，證明序列間的同源性，幫助預測新序列二級結構與三級結構，確定PCR引物，以及在分子進化分析方面均有很大幫助，Clustal X很適合這些方面的要求。

8. Winplas 2.6
該軟件用來繪制發表質量的質粒圖，可廣泛應用與論文、教材的質粒插圖。其特性包括：1.知道序列或不知序列結構均能繪制質粒圖；2. 可讀入各種流行序列格式文件引入序列信息；3. 自動識別限制位點 可構建序列結構，功能包括：從文件插入序列、置換序列、序列編輯、部分序列刪除等；4. 繪圖功能強大，功能包括：位點標簽說明、任意位置文字插入、生成彩圖、線性或環形序列繪制、可輸出到剪貼板、可輸出到圖像文件；5. 限制酶消化分析報告輸出與序列輸入報告功能。

9. RNAdraw 1.1b2
是一個進行RNA二級結構計算的軟件。 1. 它 是Windows下的多文檔窗口 (multiple document interface) 軟件，允許你同時打開多個數據處理窗口。主窗口的工具條提供一些基本功能：打開文件、導入文件、關閉文件、設置程序參數、重排窗口、以及即時幫助和退出程序。2. RNAdraw中一個非常非常重要的特征是鼠標右鍵菜單打開的菜單顯示對鼠標當前所指向的對象/窗口可以使用的功能列表。 3. RNA文庫（RNA Library）用一種容易操作的方式來組織你所有的RNA數據文件。

10. RNAStructure 3.5
RNA Structure 根據最小自由能原理，將Zuker的根據RNA一級序列預測RNA二級結構的算法在軟件上實現。預測所用的熱力學數據是最近由Turner實驗室獲得。提供了一些模塊以擴展Zuker算法的能力，使之為一個界面友好的RNA折疊程序。

11. Cn3D
是由NCBI開發的用于觀看蛋白質三維結構的軟件，其設計的主要目的是為NCBI在其站點中的蛋白質結構數據庫MMDB提供專業的結構觀察軟件，其主要的操作界面分為兩個窗口，如右圖所示，一個為結構窗口，另一個為序列窗口。與其他的類似的軟件，如Rasmol，Weblabview等相比，其在結構觀察方面主要功能上基本相似，但是圖形格式上比Rasmol和Weblabview要差一些。而在與網絡連接上，該軟件能依托NCBI所建立的所建立的MMDB結構數據庫，能直接根據輸入的序列號從數據庫中利用其內嵌的Entrez搜索引擎調出蛋白結構來進行觀察，比其他軟件要簡便。而Cn3D主要的特點是能夠將兩個蛋白放在一起直觀地進行三維結構上的比較，如下圖中是將兩種核酸外切酶的三維結構通過VAST對準得到的結構比較圖：同樣，Cn3D在結構比較方面也能利用其內嵌的Blast搜索引擎直接訪問Genbank數據庫找到具有局部相似性的結構數據，并在三維結構圖中顯示出二者具有相似性的結構區域

12. Seqverter 1.3
Seqverter 1.3使用簡單，填寫輸入文件和輸出文件名就可以完成格式轉換。而且能夠轉換的格式非常之多是其它軟件所無法比擬的。另外，它可在線升級以讀寫更多格式文件。

13. Visual Sequence Editor 1.1
1.可以同時顯示編輯多達200個核酸蛋白序列 2.將所有程序打包成一個庫文件 3.可以輸入輸出到很多格式序列： IG/Stanford；GenBank/GB；NBRF；EMBL；GCG；DNA Strider；Fitch；Pieron/FASTA；PIR/CODATA以及普通文本 4.可以直接讀取MACAW的文件，并能將各序列中的同源順序標出 5.根據遺傳密碼（可以自定義）讀出一種或六種閱讀框 6.查看的字體大小，字母間隔等靈活可調 7.模糊查找特定序列。

14. band leader 3.0
提供處理DNA或蛋白分子凝膠電泳圖象和從凝膠電泳圖象獲得相關數據的工具。它可以對電泳圖譜進行半定量分析，識別掃描得到的WINDOWS圖象格式 .BMP，是一個難得的好軟件。

15. Sequin 2.90
能向GenBank、EMBL、DDBJ三大核酸序列庫遞交序列。可以不用仔細考慮各數據庫文件的具體格式，以問答填表格的形式，將需遞交的序列和相關資料填好。可以在線直接發送，也可以生成相應格式文件，以e-mail形式發送。

16. Omiga 2.0
實際上，大部分對核酸蛋白的序列分析功能，在Omiga 2.0中都能找到；而且界面非常友好。Omiga作為強大的蛋白質、核酸分析軟件，它還兼有引物設計的功能。主要功能：編輯、瀏覽、蛋白質或核酸序列，分析序列組成。用Clustal. W進行同源序列比較，發現同源區。實現了核酸序列與其互補鏈之間的轉化，序列的拷貝、刪除、粘貼、置換以及轉化為RNA鏈，以不同的讀碼框、遺傳密碼標準翻譯成蛋白質序列。查找核酸限制性酶切位點、基元（Motif）及開放閱讀框（ORF），設計并評估PCR、測序引物。查找蛋白質解蛋白位點（Proteolytic Sites）、基元、二級結構等。查尋結果可以以圖譜及表格的顯示，表格設有多種分類顯示形式。利用Mange快捷鍵，用戶可以向限制性內切酶、蛋白質或核酸基元、開放閱讀框及蛋白位點等數據庫中添加或移去某些信息。每一數據庫中都設有多種查尋參數，可供選擇使用。用戶也可以添加、編輯或自定義某些查尋參數。可從MacVectorTM、Wisconsin PackageTM等數據庫中輸入或輸出序列。另外，該軟件還提供了一個很有特色的類似于核酸限制酶分析的蛋白分析，對蛋白進行有關的多肽酶處理后產生多肽片段。

17. TreeView
Tree View是用來生成與打印進化樹的軟件，它可以讀取NEXUS與PHYLIP生成的進化樹格式文件，生成進化樹,并輸出到打印機。

18. Antheprot
蛋白質序列分析軟件包ANTHEPROT 4.5是位于法國的蛋白質生物與化學研究院（Institute of Biology and Chemistry of Proteins）用十多年時間開發出的蛋白質研究軟件包。軟件包包括了蛋白質研究領域所包括的大多數內容，功能非常強大。應用此軟件包，使用個人電腦，便能進行各種蛋白序列分析與特性預測。更重要的是該軟件能夠提供蛋白序列的一些二級結構信息，使用戶有可能模擬出未知蛋白的高級結構。

19. BioEdit
是一個序列編輯器與分析工具軟件，功能非常強大，使用十分容易。功能包括：序列編輯、外掛分析程序、RNA分析、尋找特征序列、支持超過20000個序列的多序列文件、基本序列處理功能、質粒圖繪制、等等等等。總之，功能強大，人人需要。

20. DNAMend
DNAmend是一名德國人編寫的用于對DNA序列進行分析，編輯的專業軟件，主要的用途是在基因克隆過程中，利用其提供的對DNA序列的限制性酶切分析，開讀框搜索，序列轉譯，末端修剪等功能對DNA序列進行酶切、連接、末端補平等模擬操作，為克隆流程設計及克隆過程監視提供直觀的控制工具，便于對克隆中可能出現的問題進行分析，并可將結果輸出用于發表文章。

21. Bioperl 常用的分子生物學編程語言

22. Biojave常用的分子生物學編程語言

23. Oligo 2.7M
引物分析著名軟件，主要應用于核酸序列引物分析設計軟件，同時計算核酸序列的雜交溫度（Tm）和理論預測序列二級結構。

24. Pcgene
pcgene在任何時候均有幫助，包括操作和pcgene計算所采取的理論原理。
pcgene軟件功能有：
一、根據膠板讀出序列（需特殊硬件支持）
二、核酸蛋白序列輸入、修改、編輯和打印輸出，物化參數計算（組成、分子量、等電點等）、特殊蛋白序列顯示方式、語音序列讀出
三、序列分析：
1.核酸一級結構分析：查找子序列、正向反向重復序列查找、pcr引物序列分析、轉譯成蛋白序列、使用embl cds自動轉譯、遺傳密碼更改
2.核酸位點分析：真核生物起始區位點分析，特殊位點檢測（核糖體可能結合位點等）
3.核酸表達區分析、序列比較、限制酶位點分析、核酸同源性比較、核酸序列參數統計信息
4.核酸二級結構分析：回行結構分析、RNA結構、DNA螺旋、tRNA序列查找
5.蛋白一級結構分析：查找子序列、蛋白->核酸序列、最佳寡核甘酸探針
6.蛋白位點分析、斷點分析、同源序列比較、二級結構分析、序列統計結果
7.序列可以是單個的，也可以將它裝入數據庫分子生物應用軟件pcgene共四張（1.44M） rar壓縮

25. Blast 2.2.3 2002-5-15
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白質數據庫或DNA數據庫中進行相似性比較的分析工具。BLAST程序能迅速與公開數據庫進行相似性序列比較。BLAST結果中的得分是對一種對相似性的計說明。BLAST對一條或多條序列(可以是任何形式的序列)在一個或多個核酸或蛋白序列庫中進行比對。BLAST還能發現具有缺口的能比對上的序列。 BLAST是基于Altschul等人在J.Mol.Biol上發表的方法(J.Mol.Biol.215:403-410(1990)),在序列數據庫中對查詢序列進行同源性比對工作。從最初的BLAST發展到現在NCBI提供的BLAST2.0,已將有缺口的比對 序列也考慮在內了。BLAST可處理任何數量的序列,包括蛋白序列和核算序列;也可選擇多個數據庫但數據庫必須是同一類型的,即要么都是蛋白數據庫要么都是核酸數據庫。所查詢的序列和調用的數據庫則可 以是任何形式的組合,既可以是核酸序列到蛋白庫中作查詢,也可以是蛋白序列到蛋白庫中作查詢,反之亦然。
1、BLASTP是蛋白序列到蛋白庫中的一種查詢。庫中存在的每條已知序列將逐一地同每條所查序列作一對一的序列比對。
2、BLASTX是核酸序列到蛋白庫中的一種查詢。先將核酸序列翻譯成蛋白序列（一條核酸序列會被翻譯成可能的六條蛋白），再對每一條作一對一的蛋白序列比對。
3、BLASTN是核酸序列到核酸庫中的一種查詢。庫中存在的每條已知序列都將同所查序列作一對一地核酸序列比對。
4、TBLASTN是蛋白序列到核酸庫中的一種查詢。與BLASTX相反，它是將庫中的核酸序列翻譯成蛋白序列，再同所查序列作蛋白與蛋白的比對。
5、TBLASTX是核酸序列到核酸庫中的一種查詢。此種查詢將庫中的核酸序列和所查的核酸序列都翻譯成蛋白（每條核酸序列會產生6條可能的蛋白序列），這樣每次比對會產生36種比對陣列。

26. EndNote
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