生物芯片是目前生物技術中主要的技術之一。研究人員從計算機技術中借用了微型化、整合、平行化處理的技術來發展在芯片上的實驗室裝置和處理過程。一般地，在芯片上的靶標是有序排列的樣本，如cDNA，寡核苷酸或者蛋白質等。宏觀矩陣（Macroarraying）也可稱之為畫格子，把樣本點到比較大的尼龍膜上，通過雜交來分析它們。然而，微矩陣（Microarraying）的點直徑小于200微米，并需要顯微分析。把那么多的信息放在一個很小的空間里使得微矩陣有明顯的優勢。一個微矩陣（DNA microarray）只占有幾平方厘米的空間，但是包含了上千個靶點，每一個點代表了一個基因的部分。因此，在芯片上設計包含一個復雜生物體的所有基因，大約30000到60000個是可能的。
　　隨著生物芯片技術的發展，有很多的語言來描述它。至少有23種不同的術語來描述微矩陣。最常用的是稱之為“DNA芯片”（DNA chip），雖然“基因芯片”（geng chip）這個詞有時也用，但是GeneChip是Affymetrix公司基因分析研究用的專利微矩陣，它能夠在一片上擺放多至400000個不同的寡核苷酸片段或10000個基因的每個基因的40個片段。

　　DNA微矩陣系統是多用途的工具，可以用來變異分析，基因測序和基因表達分析。這些系統組合了DNA芯片和樣本處理裝置，用于閱讀信號分子的掃描儀，分析數據的生物信息學工具等。通過與固定在芯片上的寡核苷酸雜交，可以容易地在基因組規模上來定量分析特定mRNAs的表達或檢測基因組DNA的多態性。

　　芯片技術也可以用來分析蛋白質。如產品ProteinChip（Ciphergen biosystem Inc., Fremont, California）能把蛋白質點陣到經化學方法或酶、受體、抗體等生物學方法處理過的固體表面。通過衡量與芯片表面的親和力來分析未知分子，用聚焦的激光能量把它們從表面分離下來，根據分子量來檢測。這樣的芯片可以用來進行免疫分析，蛋白—蛋白間的相互作用和配體結合分析。這兒主要集中于講DNA芯片的使用和不同類型的蛋白芯片。

　　DNA微矩陣是一種同時對上千個基因的表達進行分析的好工具。最普遍的是，微矩陣分析是通過熒光標記的cDNAs（來自RNA）與固定在芯片上的序列雜交。這兒，探針指的是熒光標記的DNAs，靶標指的是固定的序列。這些定義與傳統的雜交技術中的剛好相反，所以讀者需要注意。

　　用于基因表達的微矩陣分析包括以下幾個步驟：

　　1） 矩陣的構建。點到芯片上的DNAs可以是cDNAs（部分或完整的），基因組DNAs，或者是化學合成的寡核苷酸序列。

　　2） 探針的準備。從樣本中抽提出RNA，反轉錄成cDNA。后面這一步驟包括了熒光染料整合到每個樣本的探針中。

　　3） 探針與矩陣的雜交。來自兩個樣本的探針混合在一起，在芯片上都有其互補序列。就如傳統的核酸雜交，雜交條件經過優化使背景最小。未結合上的探針在掃描前被沖洗掉。

　　4） 掃描和檢測。用激光共聚焦的掃描儀來掃描雜交后的矩陣，檢測用來標記探針的兩種熒光染料。熒光信息存儲在電腦中，并進行分析和圖象建設。

　　5） 標準化和數據分析。對每一種染料掃描后的圖象通過一定的軟件處理并合并得到每個點的重疊圖。點數和每點的強度定量確定，確定背景強度并被減掉。對照點，或是額外加入的序列，或是報道基因，或是每個樣本的總的熒光信號強度，來幫助校正兩種熒光染料的標記差異和檢測效率。一般的，兩個樣本中的每個基因信號用控制好的強度進行掃描測量。

　　基于DNA矩陣的技術提供了相對簡單的方法來同時測量生物體中的所有基因的差異表達，如在不同的細胞或組織樣本中的RNA轉錄物的相對水平。當兩個不同來源（對照和疾病組織）的特定RNAs的水平差異可以通過兩種不同的顏色來代表，如藍和黃。如果在兩個組織中的一個基因的表達水平相同，電腦會用綠顏色表示。用藍或綠代表顏色的變化表明基因表達有差異。用芯片技術來平行化分析基因的表達，使得我們可以來了解參予基因表達調節的細胞中的過程。DNA矩陣的信息使研究者可以來研究在濾過性病菌感染而引起的疾病狀態下的或細胞轉化引起腫瘤狀態下的基因表達。對這些變化的更全面的了解有助于對病毒復制，發病機理和宿主抗病毒機理的了解。

　　微矩陣分析產生了巨大的數據組。例如，對六個樣本的芯片實驗，約有50000個基因，以及10個不同的實驗條件產生3000000條基本數據。樣本圖象的交差對比分析將把此數據信息成倍翻番。這么多的數據需要大規模的信息存儲，分析和管理。這樣的生物數據的挖掘和存儲系統近來已進入市場。軟件包幫助了研究者，使他們在進行對矩陣的分析較為簡單，如圖象的組合、定量和轉化成表達信息，以便于進一步的研究和確證。基因表達模式的分析有助于研究者對藥物作用機理的研究。例如通過cDNA微矩陣來研究ferrioxamine的作用，它是酵母中的鐵離子鏊合物，通過轉錄因子Aft1調節鐵的吸收，因為鐵的處理提高了Aft1的活性。這個結果說明了酵母中有兩組ATF-1調節基因，它們維持了不同的ferrioxamine介導的鐵離子吸收途徑。高親合性的亞鐵離子轉運系統中的一個組分Fet3p表達在細胞膜上；然而，Arn3p高鐵離子介導轉運系統表達在細胞內小泡。

　　在藥物研發過程中高通量的基因表達分析扮演著一個重要的角色。用微矩陣，可以在基因組水平上來檢測基因表達，可以確定疾病細胞的基因表達模式特征譜和鑒定潛在的藥物靶標。微矩陣技術也加快了藥物靶標的確認和確定二級藥物靶標的效應，幫助確定藥物的副作用或與其他藥物的作用。

　　分子診斷學也是微矩陣技術應用的一個方面。隨著微生物基因組序列作為特定的遺傳標記，這些遺傳標記點陣到玻璃片上制成DNA芯片。靶標DNA可以從臨床測試標本中抽提出來，用一種熒光染料標記，然后與芯片上的基因組序列雜交。與芯片上的靶序列形成雙聚體，在有探針的位置則有熒光信號。通過熒光信號確定靶標序列，因此來確定樣本中是否存在這種微生物。微矩陣技術已經用來檢測癌癥細胞中的基因表達和檢測乳腺癌中的BRCA1基因的突變。組織芯片也已發展起來，在同一芯片上可以同時分析多達1000個腫瘤樣本。這一方法已經用來快速鑒定膀胱癌分子變異。

　　人類基因組測序工作的完成和分析序列變異的技術將促進全球的人基因的變異研究。用微矩陣技術來進行基因表達譜、基因型、突變檢測和基因發現的研究，可以探知以前僅知道序列的成千個基因的功能。基于微矩陣的比較基因組學也是富有前途的，用來探索微生物感染的分子流行病學。用高密度的微矩陣寡核苷酸技術來研究Mycobacterium tuberculosis，檢測小范圍的基因缺失和研究與病原性減弱趨向相關的特定基因突變。

　　小范圍的DNA的單個堿基的變異稱為單核苷酸多態性，通過基因來能夠區分不同的個體。把包含SNP的寡核苷酸序列固定到表面，每個序列含有一個特定的SNP。為了確定個體基因組中是否存在SNP，從個體中得到的DNA同芯片雜交。如果一個特定的SNP存在，則熒光標記的基因組探針在相應位置上顯示陽性信號。如果不存在，則不顯示信號。一個明顯的缺點是對每個個體必須用一片微矩陣或芯片進行檢測，這可能是一個大規模的昂貴的檢測。

　　OmniScan（PolyGenyx Inc., Worcester, Massachusetts）,把多個個體的基因組而不是SNPs固定到芯片上。因此，SNP的檢測通過SNPs與固體表面的靶標結合而不是基因組序列。這樣允許多達10000個體的DNA固定到一片上，然后同時分析它們。這個平行化處理的手段比大群體的系列研究要有效的多。

　　SNP基因型和新出現的藥物基因組學可能領導著大規模基因掃描和個體化診療，最適合個體基因型的醫療和用藥。記錄在一個生物芯片的個體遺傳信息能夠用來確定個體的疾病易感和最佳的治療手段。在不久的將來，微芯片將作為病人手頭或醫生辦公室手持式的診斷工具。自動的實驗室設備可以掃描患者的基因組，通過計算機分析預測患者對特定藥物的反應。因此，在幾分鐘內決定每個病人的理想治療過程是可能的。但是在這樣的技術可以使用之前，伴隨著疾病遺傳譜的隱私和倫理問題需要解決。

　　醫學的一個嶄新的世紀展現在我們面前。微矩陣技術因為它的掃描和檢測能力將幫助人類實現全面的保健和個體化治療。