(一)細(xì)菌的收獲和裂解
1.收獲
1)將2ml含相應(yīng)抗生素的LB加入到容量為15ml 并通氣良好(不蓋緊)的試管中,然后接入一單菌落,于30℃劇烈振搖下培養(yǎng)過(guò)夜。
2)將1.5ml培養(yǎng)物倒入微量離心管中,用微量離心機(jī)于4℃以12000g離心30秒,將剩余的培養(yǎng)物貯存于4℃。
3)吸去培養(yǎng)液,使細(xì)菌沉淀盡可能干燥。除去上清的簡(jiǎn)便方法是用一次性使用的吸頭與真空管道相連,輕緩抽吸,并用吸頭接觸液面。當(dāng)液體從管中吸出時(shí),盡可能使吸頭遠(yuǎn)離細(xì)菌沉淀,然后繼續(xù)用吸頭通過(guò)抽真空除去附于管壁的液滴。
1.收獲
1)將2ml含相應(yīng)抗生素的LB加入到容量為15ml 并通氣良好(不蓋緊)的試管中,然后接入一單菌落,于30℃劇烈振搖下培養(yǎng)過(guò)夜。
2)將1.5ml培養(yǎng)物倒入微量離心管中,用微量離心機(jī)于4℃以12000g離心30秒,將剩余的培養(yǎng)物貯存于4℃。
3)吸去培養(yǎng)液,使細(xì)菌沉淀盡可能干燥。除去上清的簡(jiǎn)便方法是用一次性使用的吸頭與真空管道相連,輕緩抽吸,并用吸頭接觸液面。當(dāng)液體從管中吸出時(shí),盡可能使吸頭遠(yuǎn)離細(xì)菌沉淀,然后繼續(xù)用吸頭通過(guò)抽真空除去附于管壁的液滴。
3.煮沸裂解
該法根據(jù)Holmex和Quigley(1985)的方法改進(jìn)而成。
1)將細(xì)菌沉淀[收獲細(xì)菌和步驟3)所得]重懸于350μlSTET中。
STET
0.1mol/L NaC
10mmol/L Tris.Cl(pH8.0)
1mmol/L EDTA(pH8.0)
5% Triton X-100
2)加25μl新配制的溶菌酶溶液[10mg/ml,用10mmol/L Tris.Cl(pH8.0)配制],振蕩3秒鐘以混勻之。如果溶淮中pH低于8.0,溶菌酶就不能有效發(fā)揮作用。
3)將離心管放入煮沸的水浴中,時(shí)間恰為40秒。
4)用微量離心機(jī)于室溫以12 000g離心10分種。
5)用無(wú)菌牙簽從微量離心管中去除細(xì)菌碎片。
6)在上清中加入40μl 5mol/L乙酸鈉(pH5.2)和420μl異丙醇,振蕩混勻,于室溫放置5分鐘。
7)用微量離心機(jī)于4℃以12 000g離心5分種,回收核酸沉淀。
8)小心吸去上清液,將離心管倒置于一張紙巾上,以使所有液體流出。再將附于管壁的液滴除盡。除去上清的簡(jiǎn)便方法是用一次性使用的吸頭與真空管道相連,輕緩抽吸,并用吸頭接觸液面。當(dāng)液體從管中吸出時(shí),盡可能使吸頭遠(yuǎn)離核酸沉淀,然后繼續(xù)用吸頭通過(guò)抽真空除去附于管的液滴。
9)加1ml70%乙醇,于4℃以12 000g離心2分鐘。
10)按步驟8)所述再次輕輕地吸去上清,這一步操作要格外小心,因?yàn)橛袝r(shí)沉淀塊貼壁不緊,去除管壁上形成的所有乙醇液滴,打開管口,放于室溫直至乙醇揮發(fā)殆盡,管內(nèi)無(wú)可見(jiàn)的液體(2-5)分鐘。
11)用50μl含無(wú)DNA酶的胰RNA酶(20μg/ml)的TE(pH8.0)溶解核酸稍加振蕩,貯存于-20℃。
i.當(dāng)從表達(dá)內(nèi)切核酸酶A的大腸桿菌株(endA 株,如HB101 )中小量制粒DNA?xí)r,建議舍棄煮沸法。因?yàn)橹蠓胁襟E不能完全滅活內(nèi)切核酸酶A,以后在Mg2 存在下溫育(V中用限制酶時(shí))質(zhì)粒DNA可被降解。 在上述方案的步驟9)之間增加一步,即用酚:氯仿進(jìn)行抽提,可以避免這一問(wèn)題。
ii.此法制備的高考貝數(shù)質(zhì)粒(如Xf3哉pUC),其產(chǎn)量一般約為:每毫升原細(xì)菌增減物3-5μg。
iii.如果要通過(guò)限酶切割反應(yīng)來(lái)分析DNA,可取1μlDNA溶液加到另一個(gè)含8μl水的微量離心管內(nèi),加1μl 10x限制酶緩沖液和1單位所需限制酶,在適宜溫度溫育1-2小時(shí)。將剩余的DNA貯存于-20℃。通過(guò)凝膠電泳分析經(jīng)限制酸消化的DNA片段。如果小量制備的DNA不被限制酶切開,很有可能在收獲細(xì)菌的步驟3)或上述步驟8)未能很好地去除所有液體。這種情況下,可用酚:氯仿抽提DNA終產(chǎn)物,然后用乙醇重新沉淀DNA,通常,用5-10倍過(guò)量的酶(特別是并不昂貴的酶)在100-200μl 體積中進(jìn)行消化,可以克服限制酶切割反應(yīng)遇到切割反應(yīng)遇到的困難。消化后, 加0. 1 體積3mol/L乙酸鈉(pH5.2)和2倍體積乙醇沉淀DNA。
(二)質(zhì)粒DNA小量制備的問(wèn)題與對(duì)策
裂解和煮佛法都極其可靠,重復(fù)性也很好,而且一般沒(méi)有會(huì)么麻煩。多年來(lái),在我們實(shí)驗(yàn)室中日常使用這兩種方法的過(guò)程中,只碰到過(guò)兩個(gè)問(wèn)題:
1)有些工作者首次進(jìn)行小量制備時(shí),有時(shí)會(huì)發(fā)現(xiàn)質(zhì)粒DNA不能被限制酶所切割,這幾乎總是由于從細(xì)菌沉淀或從核酸沉淀中去除所有上清液時(shí)注意得不夠。大多數(shù)情況下,用酚:氯仿對(duì)溶液進(jìn)行抽提可以去除小量備物中的雜質(zhì)。如果總是依然存在,可用離心柱層析注純化DNA。
2)在十分偶然的情況下,個(gè)別小時(shí)制備物會(huì)出現(xiàn)無(wú)質(zhì)粒DNA的現(xiàn)象。這幾乎肯定是由于核酸沉淀顆粒已同乙醇一起被棄去。