Southern印跡雜交（Southern blot）是研究DNA圖譜的基本技術，在遺傳病診斷、DNA圖譜分析及PCR產物分析等方面有重要價值。Southern印跡雜交的基本方法是將DNA標本用限制性內切酶消化后，經瓊脂糖凝膠電泳分離各酶解片段，然后經堿變性，Tris緩沖液中和和高鹽下通過毛吸作用將DNA從凝膠中轉印至硝酸纖維素膜上、烘干固定后即可用于雜交。凝膠中DNA片段的相對位置在DNA片段轉移到濾膜的過程中繼續保持著，附著在濾膜上的DNA與32P標記的探針雜交，利用放射自顯影術確立探針互補的每一條DNA帶的位置，從而可以確定在眾多消化產物中含某一特定序列的DNA片段的位置和大小。
（1）瓊脂糖凝膠電泳。利用瓊脂糖凝膠電泳可以很容易地將DNA限制酶消解片段（0.3～25kb）分離開，分離大分子DNA片段（800-12000bp）用低濃度瓊脂糖（0.7%），分離小分子片段（500～1000bp）用高濃度瓊脂糖（1.0%），300-5000bp的片段則用1.3%的瓊脂糖凝膠。根據分離樣品品質，分離速度和分辨率要求的不同，可選用不同規格的電泳槽。電泳時，同時將分子量標記物加到旁邊孔中，便于確定樣品DNA的分子量。20伏恒壓電泳過夜，電泳完畢，將膠浸到含0.5μg/ml EB的TBE緩沖液中染色30min，也可將EB直接加到電泳緩沖液中或在灌膠前加入膠片中，在254nm短波透射燈下拍照，加橙黃色濾色鏡，使用高速一次成像膠片，光圈f4.5，曝光20-40s。
（2）硝酸纖維素膜吸印。
[1]將膠片切成合適大小，切去右上角作為記號。
[2]將膠片放進盛有變性緩沖液（1.5mol/L NaCl,0.5mol/L NaOH）的盤中輕晃15min。
[3]換到中和緩沖液（1mol/L Tris-HCl,pH8.0,0.15mol/L NaOH）的盤中輕晃30min。
[4]裁一張硝酸纖維素膜、2-4張3mm濾紙和一些吸印紙（可用衛生紙），都與膠的大小相同（硝酸纖維素膜和吸印紙不能比膠大，否則易形成旁路）。先將硝酸纖維素膜浸到水中，再放入10×SSC緩沖液,接觸膠和硝酸纖維素膜時都要戴手套操作。
[5]平盤上放一塊比膠大的平板上面鋪一張3mm濾紙,起燈蕊作用,盤中加入少量10×SSC緩沖液（2.5cm厚），不能沒過平板，使3mm濾紙充分飽和。
[6]將膠倒扣在3mm濾紙上。
[7]浸濕的硝酸纖維素膜在膠上，對齊。鋪膜時從一邊逐漸放下，防止產生氣泡，有氣泡時，可用吸管趕出，不能讓膜與膠下的濾紙直接接觸。
[8]膜上放一張3mm濾紙，不能與膠接觸。
[9]上面加吸印紙及重物（500g左右）。
[10]通過濾紙的燈芯作用，平盤中的緩沖液就會通過膠上移，從而將DNA吸印到膜上，及時更換浸濕的吸印紙，在室溫下轉印過夜。
[11]清除上面的東西。用鑷子將膜取出，在6×SSC中洗一下。
[12]自然干燥，80℃烤2h。
[13]這是的膜就可進行雜交，或室溫密封保存。