交互扣除ＲＮＡ差別顯示技術(shù)（RSDD）是由Kang等于1998年最新提出的結(jié)合扣除雜交和ＲＮＡ差別顯示兩項技術(shù)發(fā)展而出的一種有效、快速分離差別表達(dá)基因序列的方法。該方法應(yīng)用于腫瘤進(jìn)展的研究，可鑒定和克隆已知的和高比率(>65%)的未知序列，這包括分別作為增強(qiáng)和抑制表達(dá)進(jìn)展功能的cDNAs，分別稱為增強(qiáng)進(jìn)展基因（PEGen）和抑制進(jìn)展基因（PSGen）。1999年通過交互扣除RNA差別顯示技術(shù)已鑒定出了16條差別表達(dá)的基因，其中有5條為未知的PEGen，6條為未知的PSGen。該方法主要由三部分組成：
交互扣除（reciprocal subtraction）：首先是要獲得兩個具有差別基因表達(dá)的細(xì)胞系的cDNA文庫，然后將這兩個文庫進(jìn)行交互扣除雜交，從而獲得兩個扣除cDNA文庫。隨后通過體內(nèi)剪切得到質(zhì)粒cDNA文庫；
差異顯示（differentialdisplay）：由交互扣除cDNA文庫獲得的純化質(zhì)粒可直接進(jìn)行差異顯示，這包括PCR擴(kuò)增(加入3種3′錨定引物和18種5′隨機(jī)引物)和進(jìn)行5%序列膠電泳并切割回收差異顯示條帶；
表達(dá)分析（expression analysis）：運用反向Northern印跡分析（reverse Northern blotting）和Northern Blot分析鑒定經(jīng)再擴(kuò)增的DNA片段的差異表達(dá)。反向Northern Blotting是將經(jīng)差異顯示得到的擴(kuò)增后的DNA片段轉(zhuǎn)膜，并分別與來自兩個不同細(xì)胞系總RNA經(jīng)反轉(zhuǎn)錄制備的32P標(biāo)記的cDNA第一鏈探針(reverse transcribed 32P-cDNA prob)進(jìn)行雜交。234條再次擴(kuò)增的DNA片段中有181條被探測到(77%)，其差異表達(dá)顯示水平比兩種細(xì)胞間Northern blot分析要高1.8倍。最后經(jīng)Northern blotting分析得到兩種細(xì)胞系差別表達(dá)的DNA片段被克隆到載體上進(jìn)行測序分析。RSDD目前被證實對于有效且快速鑒定發(fā)生在復(fù)雜基因組以及細(xì)胞生理變化中差異表達(dá)的基因是很有價值的。