差異雜交（differential hybridization）是將基因組文庫的重組噬菌體DNA轉(zhuǎn)移至硝酸纖維素膜上，用兩種混合的不同cDNA探針（如：轉(zhuǎn)移性和非轉(zhuǎn)移性癌組織的mRNA逆轉(zhuǎn)錄后的cDNA）分別與濾膜上的DNA雜交，分析兩張濾膜上對應(yīng)位置雜交信息以分離差異表達(dá)的基因。適用于基因組不太復(fù)雜的真核生物（如酵母）表達(dá)基因的比較，假陽性率較低。但對基因組非常復(fù)雜的鹽酸核生物，則因工作量太大，表達(dá)的序列所占百分比較低（僅5％左右），價值不大。