使兩個不相鄰的DNA片段重組在一起的PCR稱為重組PCR(recombinant PCR).Mullis等于1986年報道了由PCR擴增的兩個DNA片段通過重組合后再經延伸而制備出新的DNA分子.其基本原理為將突變堿基，插入或缺失片段，或一種物質的幾個基因片段均設計在引物中，先分段對模板擴增，除去多余的引物后，將產物混合，再用一對引物對其進行PCR擴增.其產物將是一重組合的DNA.重組PCR主要用于位點專一堿基置換，DNA片段的插入或缺失DNA片段的連接(如基因工程抗體).