①重復性.影響SSCP重復性的主要因素為電泳的電壓和溫度.這兩個條件保持不變， SSCP圖譜可保持良好的重復性.一般SSCP圖譜是二條單鏈DNA帶，但有時有的DNA片段 可能只呈現一條SSDNA帶，或者三條以上，這主要是由于兩條單鏈DNA之間存在相似的 立體構象.有時三條以上的SSCP圖譜是由于野型DNA片段和突變型DNA片段共同存在的 結果.
　　②靶DNA序列長度的影響在實驗中發現SSCP對短鏈DNA或RNA的點突變檢出率要比長鏈 的高，這可能是由于長鏈DNA和RNA分子中單個堿基的改變在維持立體構象中起的作用 較小的緣故.而有人認為在DNA鏈較短的(400bp以下)情況下，DNA的長度不會影響SSCP 的效果.他們仔細選擇了實驗條件，發現354bp的DNA中點突變的檢出率仍可達到90%以 上.
　　③電泳電壓和溫度的影響:為了使單鏈DNA保持一定的穩定立體構象，SSCP應在較低溫 度下進行(一般4℃-15℃之間).在電泳過程中除環境溫度外，電壓過高也是引起溫度 升高的主要原因，因此，在沒有冷卻裝置的電泳槽上進行SSCP時，開始的5min應用較 高的電壓(250V)，以后用100V左右電壓進行電泳.這主要是由于開始的高電壓可以使 不同立體構象的單鏈DNA初步分離，而凝膠的溫度不會升高.隨后的低電壓電泳可以使 之進一步分離.在實驗中應根據具體實驗條件確定電泳電壓.
　　④DNA片段中點突變的位置對SSCP的影響點突變在DNA和RNA中的位置對SSCP檢測率的 影響，取決于該位置對維持立體構象作用的大小，而不是僅僅取決于點突變在DNA鏈 上的位置(有人認為點突變在DNA鏈中部要比在近端部容易被SSCP檢測出來).White曾 設計了一組樣品DNA片段，并將其中的點突變設在DNA鏈的中部，而且該點又正處在發 夾結構頂端的環上，結果發現SSCP只能檢測出9個樣品中的2個(檢出率為22%)，說明 DNA鏈中任何部位的突變，只要對其單鏈立體構象沒有影響，都有可能被漏檢.
　　⑤SSCP的結果斷定:由于在SSCP分析中非變性PAG電泳不是根據單鏈DNA分子和帶電量 的大小來分離的，而是以單鏈DNA片段空間構象的立體位阻大小來實現分離的，因 此，這種分離不能反映出分子量的大小.有時正常鏈與突變鏈的遷移率很接近，很難 看出兩者之間的差別.因此一般要求電泳長度在16--18cm以上，以檢測限為指標來判 定結果.檢測限是指突變DNA片段與正常DNA片段可分辨的電泳距離差的最小值.大于檢 測限則判定鏈的遷移率有改變，說明該DNA序列有變化，小于檢測限則說明鏈之間無 變化.例如，一般檢測限定為3mm，那么當兩帶間距離在3mm以上，則說明兩鏈之間有 改變.另外檢測限不能定的太低，否則主觀因素太大，易造成假陽性結果.另外，SSCP 分析中其它條件，如PCR產物的上樣量，PAG的交聯度、以及膠的濃度等，都應根據具 體實驗進行選擇確定.總之，SSCP分析法是一種快速、簡便、靈敏的突變檢測方法， 適合臨床實驗室的要求.它可以檢測各種點突變，短核苷酸序列的缺失或插入.隨著 SSCP分析不斷完善，它將成為基因診斷研究的一個有力工具.