Southern blot 是研究DNA圖譜的基本技術，在遺傳診斷DNA圖譜分析及PCR產物分析等方面有重要價值。Southern印跡雜交基本方法是將DNA標本用限制性內切酶消化后，經瓊脂糖凝膠電泳分離各酶解片段，然后經堿變性，Tris緩沖液中和，高鹽下通過毛吸作用將DNA從凝膠中轉印至硝酸纖維素濾膜上，烘干固定后即可用于雜交。凝膠中DNA片段的相對位置在DNA片段轉移到濾膜的過程中繼續保持著。附著在濾膜上的DNA與32P標記的探針雜交，利用放射自顯影術確定探針互補的每條DNA帶的位置，從而可以確定在眾多酶解產物中含某一特定序列的DNA片段的位置和大小。

　　（1）瓊脂糖凝膠電泳：利用瓊脂糖凝膠電泳可以很容易地將DNA限制酶消化片段（0.3～25kb）分離開。分離大分子DNA片段（800～12000bp）用低濃度瓊脂糖（0.7%），分離小分子片段（500～1000bp）用高濃度瓊脂糖（1.0%）,300～5000bp的片段則用1.3%的瓊脂糖凝膠，根據分離樣品量、分離速度和分辨率要求的不同，可選用不同規格的電泳槽。
　　電泳時，同時將標記物加到旁邊孔中，便于確定樣品DNA的分子量。20伏恒壓電泳過夜。電泳畢，將膠浸到含0.5μg/ml EB的TBE緩沖液中染色30min，也可將EB直接加到電泳緩沖液中或在配膠前加入膠中，在254nm短波透射燈下拍照，加橙黃色濾色鏡，使用高速一次成像膠片，光圈f4.5,曝光20～40s。
　　（2）硝酸纖維素濾膜吸印。
　　①將膠切成合適大小，切去右上角作為記號。
　　②將膠放進盛有變性緩沖液（1.5mol/l NaCl, 0.5mol/L NaOH）的盤中輕搖動15min。
　　③換到中和緩沖液（1mol/L Tris·HCl , pH8.0, 1.5mol/L NaCl）中輕搖動30min。
　　④裁一張硝酸纖維素膜，2～4張3MM濾紙和一些吸印紙（可用衛生紙），都與膠的大小相同（硝酸纖維素膜和吸印紙不能比膠大，否則易形成旁路），先將硝酸纖維素膜浸到水中，再放入10×SSC中，接觸膠和硝酸纖維素膜時都要戴橡膠手套操作。
　　⑤平盤上放一塊比膠大的平板（盛膠槽翻過來即可），上面鋪一張3MM濾紙，起燈芯作用，盤中加少量10×SSC緩沖液（2.5cm厚），不能沒過平板，使3MM濾紙充分飽和。
　　⑥將膠倒扣到3MM濾紙上。
　　⑦浸濕的硝酸纖維素鋪在膠上，對齊，鋪膜時從一邊逐漸放下，防止產生氣泡，有氣泡時，可用吸管趕出，不能讓膜與膠下的濾紙直接接觸。
　　⑧膜上放一張3MM濾紙，不能與膠接觸。
　　⑨上面加吸印紙及重物（500g左右）。
　　⑩通過濾紙的灶芯作用，平盤中的緩沖液就會通過膠上移，從而將DNA吸印到膜上，及時更換浸濕的吸印紙。在室溫下轉印過夜。
　　⑾去除上面的東西，用鑷了將膜取出，在6×SSC中洗一下（也可不洗）。
　　⑿自然干燥，80℃烤2h。
　　⒀這時的膜就可進行雜交，或室溫密封保存。