如何設(shè)計(jì)有效的siRNA一直是當(dāng)前RNAi研究的熱點(diǎn)話題，不同的實(shí)驗(yàn)室有不同的結(jié)果，生物通將陸續(xù)為你介紹有關(guān)siRNA設(shè)計(jì)的最新資訊。

1.從轉(zhuǎn)錄本（mRNA）的AUG起始密碼開始，尋找“AA”二連序列，并記下其3’端的19個堿基序列，作為潛在的siRNA靶位點(diǎn)。有研究結(jié)果顯示GC含量在30%—50%左右的siRNA要比那些GC含量偏高的更為有效。

Tuschl等建議在設(shè)計(jì)siRNA時不要針對5’和3’端的非編碼區(qū)（untranslated regions，UTRs)，原因是這些地方有豐富的調(diào)控蛋白結(jié)合區(qū)域，而這些UTR結(jié)合蛋白或者翻譯起始復(fù)合物可能會影響siRNP核酸內(nèi)切酶復(fù)合物結(jié)合mRNA從而影響siRNA的效果。

2.將潛在的序列和相應(yīng)的基因組數(shù)據(jù)庫（人，或者小鼠，大鼠等等）進(jìn)行比較，排除那些和其他編碼序列/EST同源的序列。例如使用BLAST

3.選出合適的目標(biāo)序列進(jìn)行合成。通常一個基因需要設(shè)計(jì)多個靶序列的siRNA，以找到最有效的siRNA序列。

負(fù)對照

一個完整的siRNA實(shí)驗(yàn)應(yīng)該有負(fù)對照，作為負(fù)對照的siRNA應(yīng)該和選中的siRNA序列有相同的組成，但是和mRNA沒有明顯的同源性。通常的做法是將選中的siRNA序列打亂，同樣要檢查結(jié)果以保證它和其他基因沒有同源性。

如果計(jì)劃合成siRNA，那么可以直接提供以AA打頭的21個堿基序列，廠家會合成一對互補(bǔ)的序列。注意的是通常合成的siRNA是以3’dTdT結(jié)尾，如果要UU結(jié)尾的話通常要特別說明。有結(jié)果顯示，UU結(jié)尾和dTdT結(jié)尾的siRNA在效果上沒有區(qū)別。因?yàn)檫@個突出端無需和靶序列互補(bǔ)。