既然反義RNA在原核生物中對基因表達起著重要的調控作用，那末人工設計在天然狀態下不存在的反義RNA來調節靶基因的表達，想必也是可能的。這已在不少實驗中得到證實。

　　1.由于目前對靶mRNA的SD序列的上游區的結構了解甚少，因此，在要設計Ⅱ類反義RNA用于和靶mRNASD序列上游區結合，以期達到調節該mRNA翻譯的目的是比較困難的。

　　2.Ⅲ類反義RNA是和mRNA的起始處結合而形成類似ρ-不依賴性的轉錄終止子而使轉錄水平上抑制靶基因的表達。因此，要設法在靶mRNA上找到一段連續的U序列，就可以設計出反義RNA，與該U序列上游的mRNA鏈互補，以形成ρ-不依賴性終止子。理想的作用位點是在靶mRNA的5'端上游的非編碼區，以免受核糖體的影響。

　　3.只要靶基因的核苷酸順序已經知道，就可以人工設計出Ⅰ類反義RNA。有時還可設計同時具有Ⅰ類和Ⅲ類反義RNA功能的反義RNA。

　　我們還可以設計出天然存在的反義RNA的反義RNA來。這樣就可以拮抗原始反義RNA對靶mRNA的抑制作用。而達到激活或加強某個靶基因的表達的目的。然而并不是所有的mRNA對其相應的Ⅰ類反義RNA都敏感。例如，有的mRNA壽命很短，只有1-2分鐘，它們和反義RNA結合的機會較少，因而就較不敏感。反之，另一些mRNA則很穩定，壽命可達十多分種，則其對相應的反義RNA的抑制作用就很敏感。此外，反義RNA本身的穩定性有很大的實際意義。顯然，穩定的反義RNA對靶mRNA的調節作用比不穩定的反義RNA要好。

　　使反義RNA分子穩定的方法如下：
　　[1]反義RNA3'端帶有莖環結構或類似ρ-不依賴性終止子結構時，可以穩定RNA分子。
　　[2]Gorski等還發現在T4噬菌體的基因32mRNA的5'端上游的莖環結構及其附近的序列亦可穩定RNA分子。所以在設計反義RNA基因時，最好將產生3'及5'端這種二級結構的序列克隆在反義RNA基因的兩端。Hirashima等1986年發現，針對靶mRNA的SD序列和AUG區域的反義RNA，要比單純對編碼區域的反義RNA更為有效。1989年Hirashima又發現，針對SD序列和它的上游區域(但不包括AUG)的反義RNA更為有效。在真核生物中，針對5'端非編碼區的反義RNA更有效。但也有實驗表明針對第一內含子的反義RNA也同樣有效。

　　現在設計反義RNA基因是時應注意之點總結如下：
　　[1]長的反義RNA并不一定比短的反義RNA更為有效。
　　[2]在原核生物中針對SD序列及其附近區域的反義RNA可能更有效。
　　[3]在真核生物中，對應于5'端非編碼區的反義RNA可能比針對編碼區的反義RNA更有效。
　　[4]盡量避免在反義RNA分子中出現自我互補的二級結構。
　　[5]設計的反義RNA分子中不應有AUG或開放讀框，否則該反義RNA亦會與核糖體結合而影響其與靶mRNA的配對結合。
　　[6]進一步還可以將帶有ribozyme結構的RNA連在反義RNA的3'端尾上，當反義RNA與靶mRNA雜交后，即可利用其酶活性來降解靶mRNA。

　　此外，為了增強反義RNA的作用，還可以采取一些額外措施，例如:[1]由于反義RNA對靶mRNA的抑制作用有劑量依賴性，所以在構建反義RNA基因時，要選擇強的、可以誘導的啟動子以增強反義RNA本身的表達。[2]構建許多個反義RNA基因串連在一起，以得到線性重復的多拷貝基因，對提高反義RNA的表達也有利。[3]RNA酶Ⅲ可以降解RNA:RNA雜交體，所以在構建反義RNA基因時，可將RNA酶Ⅲ的基因也同時轉化到靶細胞中并進行表達。這樣，當反義RNA與靶mRNA結合后，RNA酶Ⅲ即可將其降解。這顯然有利于反義RNA的抑制作用。

　　近年來，有關反義RNA的研究進展迅速，已經應用到抗病毒感染，研究癌基因的作用機制，探索腫瘤治療的可行途徑等方面。在今后一段時間內，有關反義RNA的研究肯定將會有更加迅速的進展和更廣闊的應用前景。