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PIR國際蛋白質序列數據庫

放大字體  縮小字體 發布日期:2006-09-19

PIR國際蛋白質序列數據庫(PSD)是由蛋白質信息資源(PIR)、慕尼黑蛋白質序列信息中心(MIPS)和日本國際蛋白質序列數據庫(JIPID)共同維護的國際上最大的公共蛋白質序列數據庫。這是一個全面的、經過注釋的、非冗余的蛋白質序列數據庫,包含超過142,000條蛋白質序列(至99年9月),其中包括來自幾十個完整基因組的蛋白質序列。所有序列數據都經過整理,超過99%的序列已按蛋白質家族分類,一半以上還按蛋白質超家族進行了分類。PSD的注釋中還包括對許多序列、結構、基因組和文獻數據庫的交叉索引,以及數據庫內部條目之間的索引,這些內部索引幫助用戶在包括復合物、酶-底物相互作用、活化和調控級聯和具有共同特征的條目之間方便的檢索。每季度都發行一次完整的數據庫,每周可以得到更新部分。

PSD數據庫有幾個輔助數據庫,如基于超家族的非冗余庫等。PIR提供三類序列搜索服務:基于文本的交互式檢索;標準的序列相似性搜索,包括BLAST、FASTA等;結合序列相似性、注釋信息和蛋白質家族信息的高級搜索,包括按注釋分類的相似性搜索、結構域搜索GeneFIND等。

 
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