人類(lèi)在從事航海的過(guò)程中，會(huì)受到水面及水下各種環(huán)境因素(物理、化學(xué)、生物及水文氣象因素)的影響。船舶的機(jī)動(dòng)性大，在較短時(shí)期內(nèi)可航行在不同海域，停靠不同港口碼頭，接觸面廣泛；船舶艙室空間狹小，船員居住密度較高；出海航行期間淡水及新鮮食品供應(yīng)受到限制；遠(yuǎn)離陸地、生活單調(diào)，環(huán)境孤獨(dú)；又要值更值勤，工作緊張、勞動(dòng)強(qiáng)度大，體力消耗多；船上還有噪聲、振動(dòng)、顛簸、高溫、高濕、微波、輻射、有毒物質(zhì)空氣污染等因素的作用，影響休息睡眠和健康。
航海醫(yī)學(xué)就是研究這些環(huán)境條件引起航海從業(yè)人員的生理、心理反應(yīng)，病理變化，疾病的發(fā)生、流行規(guī)律、診斷和防護(hù)以及治療措施，使航海人員能在航海過(guò)程中適應(yīng)環(huán)境保持健康、增強(qiáng)體質(zhì)、提高工作效率、順利地完成任務(wù)，從而為航海事業(yè)提供醫(yī)學(xué)上的技術(shù)保障。所以，航海醫(yī)學(xué)就其任務(wù)的重點(diǎn)來(lái)說(shuō)，屬于預(yù)防醫(yī)學(xué)范疇。
航海醫(yī)學(xué)是隨各國(guó)海軍的發(fā)展而發(fā)展起來(lái)的。從公元前2500年埃及海軍誕生起，到公元十世紀(jì)為古代槳船時(shí)期，此時(shí)海軍已編有醫(yī)務(wù)人員。
公元前12世紀(jì)，古希臘派出艦隊(duì)漂海攻打敵方時(shí)，已有海軍醫(yī)生進(jìn)行“拔除箭頭，敷上減輕疼痛草藥”的記載。公元前271～前14年，古羅馬帝國(guó)海軍已編有隨艦隊(duì)執(zhí)行醫(yī)療任務(wù)的專(zhuān)用船只。當(dāng)時(shí)航海僅限于沿海岸航行，每天靠岸休息，船員生活條件與沿海居民大致相似，軍醫(yī)的職能主要是在海戰(zhàn)中救治傷員，航海醫(yī)學(xué)問(wèn)題還不突出。
公元10～18世紀(jì)，造船和航海技術(shù)有了很大進(jìn)步，中國(guó)的指南針和火藥亦已西傳，海軍進(jìn)入帆船時(shí)期、裝備了火炮；艦船已能航行遠(yuǎn)洋，船員們定居在艦船上，海軍軍醫(yī)也就開(kāi)始研究艦船上出現(xiàn)的各種醫(yī)學(xué)問(wèn)題，并逐漸認(rèn)識(shí)到：艦船上疾病流行與艦船衛(wèi)生條件惡劣，船員體力勞動(dòng)繁重、營(yíng)養(yǎng)不良，供水不足等因素密切有關(guān)。
公元15世紀(jì)開(kāi)始，隨著資本主義的產(chǎn)生、海外貿(mào)易興起，各海軍強(qiáng)國(guó)進(jìn)行的探險(xiǎn)、遠(yuǎn)征等活動(dòng)日益頻繁。這時(shí)遠(yuǎn)洋航行常受傳染病和維生素缺乏癥的嚴(yán)重威脅的情況開(kāi)始受到重視，一些國(guó)家的遠(yuǎn)征艦隊(duì)因傷寒、霍亂、痢疾、瘧疾的流行，壞血病的肆虐而屢告失敗。在16世紀(jì)，英國(guó)海軍艦員的陣亡率與病死率之比為1:50；17世紀(jì)，每年死于壞血病者可達(dá)5000人；18世紀(jì)，有一支遠(yuǎn)征艦隊(duì)4/5的艦員死于壞血病。因此英國(guó)海軍認(rèn)識(shí)到“要控制海洋，首先取決于征服航海疾病”，這為航海醫(yī)學(xué)這一學(xué)科的發(fā)展提出了客觀要求。
18世紀(jì)50年代，有長(zhǎng)期航海經(jīng)歷的蘇格蘭醫(yī)生林德，深入研究了航海人員在航海過(guò)程中所罹患的壞血病，1754年提出食用新鮮水果或檸檬汁可防治壞血病；介紹了蒸餾海水以獲得淡水的方法，以及預(yù)防斑疹傷寒的途徑；同時(shí)制訂了一些在艦船上預(yù)防疾病以及有關(guān)航海衛(wèi)生的規(guī)章制度。
1757年他發(fā)表的《論海員保健的有效方法》一文是較早期的航海醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)。此后，英國(guó)海軍艦隊(duì)迅速采取一些衛(wèi)生措施、頒布有關(guān)指令，使艦員的發(fā)病率、病死率明顯下降。
18世紀(jì)末19世紀(jì)初，出現(xiàn)了以蒸汽機(jī)為動(dòng)力的艦船；19世紀(jì)末，各國(guó)海軍基本完成了從木質(zhì)帆船向蒸汽裝甲艦船的過(guò)渡；19世紀(jì)中期到20世紀(jì)中期的百年，正是科學(xué)技術(shù)現(xiàn)代化的變革階段。在這種形勢(shì)推動(dòng)下，各海軍強(qiáng)國(guó)先后建立衛(wèi)生領(lǐng)導(dǎo)機(jī)構(gòu)，興辦了培養(yǎng)海軍醫(yī)學(xué)專(zhuān)業(yè)人員的院校和開(kāi)展航海醫(yī)學(xué)研究的研究單位，利用自然科學(xué)和醫(yī)學(xué)科學(xué)的成就，結(jié)合海軍的實(shí)際情況，開(kāi)展研究工作，加強(qiáng)了航海條件下的衛(wèi)生建設(shè)，提高了平戰(zhàn)時(shí)航海醫(yī)學(xué)保障的水平，為航海醫(yī)學(xué)的建立和發(fā)展奠定了良好的基礎(chǔ)。
20世紀(jì)中期以來(lái)，海軍進(jìn)入了以導(dǎo)彈化、電子化、核能化、自動(dòng)化為主要標(biāo)志的現(xiàn)代化時(shí)期，保障海軍人員健康、維護(hù)其作戰(zhàn)能力的醫(yī)學(xué)保障任務(wù)更加繁重復(fù)雜，海軍航海醫(yī)學(xué)亦進(jìn)入了全面發(fā)展的新階段。
以維護(hù)人員健康、提高作業(yè)效率為目的的醫(yī)學(xué)保障工作不僅更為重要，而且發(fā)展得更為迅速。由于它包含的內(nèi)容較多，且各個(gè)專(zhuān)業(yè)又具有相對(duì)獨(dú)立性，所以海軍航海醫(yī)學(xué)又進(jìn)一步發(fā)展建立了另一個(gè)層次的許多專(zhuān)業(yè)學(xué)科，如：海軍衛(wèi)生勤務(wù)學(xué)、艦艇衛(wèi)生學(xué)、海軍疾病流行學(xué)、海軍潛水醫(yī)學(xué)、海軍防核防化防生物武器醫(yī)學(xué)、潛艇醫(yī)學(xué)、軍事醫(yī)學(xué)工效學(xué)等。
所有這些學(xué)科的知識(shí)和技術(shù)，若結(jié)合民用條件，即可移植到民用領(lǐng)域。因此，現(xiàn)代航海醫(yī)學(xué)包括了軍用和民用的、水面和水下的各種航海過(guò)程中發(fā)生的醫(yī)學(xué)問(wèn)題。
航海醫(yī)學(xué)研究的范圍十分廣泛，涉及許多專(zhuān)業(yè)，這其中主要有：
船舶衛(wèi)生，著重研究各種環(huán)境因素下—高溫、高濕、噪聲、振動(dòng)、照明、有害氣體、有毒物質(zhì)微波、核輻射、沖擊波等對(duì)機(jī)體的作用和影響的規(guī)律，并據(jù)以研究制訂衛(wèi)生防護(hù)措施。
船舶防疫，著重研究傳染病在碼頭-船舶間、在船員中的流行規(guī)律，及影響因素，以及消毒、殺蟲(chóng)、滅鼠、洗消技術(shù)，并制訂各種傳染病的防疫管理措施。
船員醫(yī)療保健，著重研究與航海條件有關(guān)的心理狀態(tài)及特發(fā)病、多發(fā)病、常見(jiàn)病(如暈船、胃腸道功能素亂、腰腿痛、皮膚疾患等)的發(fā)病機(jī)理、臨床表現(xiàn)及適合于航海條件下執(zhí)行任務(wù)時(shí)的診斷方法和防治措施，同時(shí)研究制訂關(guān)于船員的醫(yī)學(xué)選拔、體格檢查標(biāo)準(zhǔn)，健康檢查，個(gè)人和集體衛(wèi)生，營(yíng)養(yǎng)衛(wèi)生，烹調(diào)衛(wèi)生，食品飲水的衛(wèi)生監(jiān)督，檢修中的衛(wèi)生，服裝衛(wèi)生，污物處理，應(yīng)急口糧飲水的儲(chǔ)備，值更值勤，安全操作，生活作息等的規(guī)章制度。
從人-機(jī)-環(huán)境系統(tǒng)及工效學(xué)角度，提出各種衛(wèi)生學(xué)設(shè)計(jì)要求或標(biāo)準(zhǔn)，改善居住和勞動(dòng)作業(yè)環(huán)境條件，提高工作效率，更好地達(dá)到保健的目的。這要求航海醫(yī)學(xué)部門(mén)與船舶、裝備設(shè)計(jì)建造部門(mén)密切結(jié)合。
中國(guó)古代的造船和航海技術(shù)曾居世界領(lǐng)先地位，可惜有關(guān)航海醫(yī)學(xué)的資料留傳至今者極少。明代鄭和七次出使西洋，其船隊(duì)共配有醫(yī)官、醫(yī)士180名(每150名船員一名)，他們負(fù)責(zé)治療傷病，沿途采集藥物：并對(duì)物產(chǎn)、風(fēng)俗習(xí)慣、氣候及“瘴氣”等情況進(jìn)行調(diào)查；航行中采用藥水沐浴以預(yù)防疾病；當(dāng)時(shí)船舶碩大，設(shè)有住艙、廚房、水柜，生活設(shè)施較好；并專(zhuān)備戰(zhàn)艦、馬船、糧船、水船、重視給養(yǎng)和談水的貯存補(bǔ)給。
中國(guó)近代海軍始建于1865年，1889年在旅順、威海建有水師療養(yǎng)院；1892年在天津設(shè)儲(chǔ)藥施醫(yī)總醫(yī)院，內(nèi)有西醫(yī)學(xué)堂(1915年改稱(chēng)海軍軍醫(yī)學(xué)校)，為海軍培養(yǎng)醫(yī)官、并效法西方海軍衛(wèi)生工作，制訂預(yù)防傳染病、維護(hù)海軍人員健康的規(guī)章制度。少數(shù)有識(shí)之士還介紹外國(guó)海軍艦艇常見(jiàn)病、多發(fā)病的預(yù)防知識(shí)。國(guó)民黨的海軍也按艦級(jí)編配衛(wèi)生人員，在沿海主要港口建海軍醫(yī)院。但都未能很好開(kāi)展工作，水平落后。
中國(guó)現(xiàn)代航海醫(yī)學(xué)是從人民解放軍海軍創(chuàng)建后，按照軍事航海的要求逐漸發(fā)展起來(lái)的。50年代初期，各級(jí)艦艇即配備了專(zhuān)職醫(yī)務(wù)人員(從軍醫(yī)主任到衛(wèi)生員)；相繼成立了醫(yī)學(xué)研究、教學(xué)機(jī)構(gòu)，在沿海各基地港口建立了數(shù)十所醫(yī)院、療養(yǎng)院；健全了各級(jí)衛(wèi)生防疫機(jī)構(gòu)，形成了有機(jī)的醫(yī)療衛(wèi)生網(wǎng)絡(luò)體系。制訂了各種衛(wèi)生學(xué)標(biāo)準(zhǔn)和規(guī)章制度，防止了傳染病流行，維護(hù)了艦員身體健康。