果樹所指的種子，有時是指果實，如栗、核桃、榛；有時把內果皮包括在內，如桃、杏、梅、棗、油橄欖等；有時僅指種子的一部分，如石榴。

種子是營養物質的貯藏器官，一般含有淀粉、糖類、脂肪、蛋白質和礦物質等。果樹多數為異交作物，種子繁殖常發生變異，因此主要用以繁殖砧木或供實生選種。

果樹種子一般經歷生理成熟和形態成熟兩個階段。生理成熟是指胚已成熟，具備發芽能力，但其內部營養物質尚處于易溶狀態，含水量高，種皮易失水，有機物也易滲出，易受微生物侵染，此時播種容易發霉、腐爛。生理成熟后，種皮、胚逐步完成其發育，水分減少，所含營養物質轉化成淀粉、蛋白質或脂肪，成為不溶性物質，生理生化作用減弱，種皮不斷致密變褐，不易失水、滲溶和霉爛，進入形態成熟階段。

多數溫帶果樹和種子在形態成熟后，進入生理休眠階段。影響種子休眠的因素：

①果皮或種皮堅硬，密封性好，或含有蠟質或革質化，使水、氣不易通過，可以較長期保存。

②種胚需要繼續發育，如銀杏種子從母體脫落時，種胚尚小，需經數月才能充分成長，才具萌發力，油棕則需幾年的后續發育。

③在生理生化上成熟過程的逆轉，需要一定的積溫。