生物機體在種系進化和個體發育過程中逐步獲得的防衛能力。主要包括三個方面：機體抵抗外界傳染性因子的免疫防護功能；機體清除損傷和死亡細胞，維持自身生理平衡的自身穩定功能；對機體監視，發現并清除突變細胞的免疫監視功能。在正常生理條件下，機體的免疫系統依靠其先天具有的免疫能力及后天獲得的免疫能力發揮共同免疫作用，保持機體的生理功能相對穩定。若免疫功能發生異常，必然會導致機體生理功能的失調，從而出現病理性變化。機體的免疫功能概括如下表。
免疫防護功能主要針對外來抗原物質。在正常情況下，可防止或摧毀病原微生物及其毒素或其他抗原異物的侵入及危害，保證機體不患病。若此功能過低，則說明免疫系統有缺陷，易出現反復感染等一類免疫缺陷綜合癥。若此功能過高，則會導致不同類型的變態反應的發生。自身穩定功能在正常情況下，可及時清除損傷及壞死的細胞，維持機體免疫系統的平衡。此功能過低或過高時，都會導致對外源性抗原或內源性抗原發生免疫調節失常。特別是過高時，常可引起各種自身免疫病的發生。免疫監視功能可有效地防止突變細胞引起的腫瘤病的發生。