指實現免疫功能的器官和組織。主要包括胸腺、法氏囊或類囊器官、骨髓、淋巴結、脾臟、扁桃體、闌尾及腸集合淋巴組織等。因這些器官的重要成分是淋巴組織，故又稱為淋巴器官。它們的免疫功能是能產生淋巴細胞、濾過淋巴液或血液，參與免疫應答。機體內，除了上述有被膜包裹著、有一定形態的免疫器官外，還散布著許多無被膜的淋巴組織，它們主要分布在消化道和呼吸道粘膜，在免疫中也起著重要的作用。根據免疫器官發生和作用的不同，通常把它們分為中樞免疫器官和周圍免疫器官。
中樞免疫器官 又稱中樞淋巴器官。是對免疫應答的發生起決定作用、能左右機體實現免疫應答功能的器官，主要包括胸腺（所有的脊椎動物）、法氏囊（鳥類）及類囊組織，如骨髓等。發生在胚胎期早期，為淋巴樣上皮結構。來自骨髓的原始的淋巴干細胞在中樞免疫器官中接受激素或激素樣物質的刺激，或由于這些器官所提供的微環境，最終分化、成熟為具有免疫活性的細胞——T細胞和B細胞。T細胞和B細胞一旦形成，就被輸送到周圍免疫器官中。
周圍免疫器官 又稱周圍淋巴器官。包括淋巴結、脾臟及腸道相關淋巴組織等，在胚胎發育過程中出現比中樞免疫器官遲。其淋巴細胞是由中樞免疫器官遷來。因此可以說，周圍免疫器官是免疫活性細胞定居及增殖的場所，也是這些細胞產生抗體及發育成致敏淋巴細胞以及發揮免疫應答的重要部位。中樞免疫器官對周圍免疫器官的發育起著主導作用。中樞免疫器官的缺損將嚴重影響免疫應答。