淡水生物群落包括湖泊、池塘、河流等群落，通常是互相隔離的。淡水群落一般分為流水和靜水兩大群落類型。流水群落又可分為急流和緩流兩類。急流群落中的含氧量高，水低沒有污泥，棲息在那里的生物多附著在巖石表面或隱藏于石下，以防止被水沖走。通常有根植物難以生長，但有些魚類 ( 如大馬哈魚 ) 能逆流而上，在此保證充分的溶氧供魚苗發育。緩流群落的水底多污泥，底層易缺氧，游泳動物很多，底棲種類則多埋于底質之中。雖然有浮游植物和有根植物，但它們所制造的有機物大多被水流帶走，或沉積在河流周圍。靜水群落，如湖泊，分為若干帶。在沿岸帶(1ittoral zone) 陽光能穿透到底，常有有根植物生長，包括沉水植物、浮水植物、挺水植物等亞帶，并逐漸過渡為陸生群落。離岸到遠處的水體可分為上面的湖沼帶(1imnetic zone) 和下層的深底帶(profundal zone) 。湖沼帶有陽光透入，能有效地進行光合作用，有豐富的浮游植物，主要是硅藻、綠藻和藍藻。深底帶由于沒有光線，自養生物不能生存，消費者生物的食物依賴于沿岸帶和湖沼帶的有根植物和湖沼帶的浮游植物。溫帶的湖泊分為富養的和貧養的兩類。富養湖一般水淺，貧養湖則深。大陸中的水體還有一些特殊的群落類型，如溫泉和鹽湖等。