指在生物體上有一些已經失去功能但仍然殘存著的器官。如生活在海中的鯨的后肢已經完全退化，但在體內還有腰帶骨、股骨和脛骨等后肢骨的遺跡。海牛的前肢變為槳狀，指端還保留有退化的蹄的痕跡，后肢退化，但仍保留著殘存的后肢骨。這些痕跡器官足以證明鯨和海牛起源于陸生脊椎動物。人類也有許多退化的痕跡器官，如盲腸。人的盲腸連同其末端的蚓突都極度退化，已經失去了消化功能。與此對比，家兔的盲腸連同蚓突長達半米，相當于一個大的發酵口袋，兔吃進去的草料中的纖維素就是依靠盲腸內的微生物進行發酵分解。在人體，類似盲腸這樣的痕跡器官還有很多，如腹直肌、動耳肌、尾椎骨、瞬膜、體毛等。植物也有痕跡器官，如禾本科的小麥、水稻等有退化的花被等。痕跡器官不僅提供了生物進化的證據，也有助于確定生物進化所經歷的途徑。