細菌細胞主要由細胞壁、細胞質膜、細胞質、核質及內含物等構成。細菌細胞壁的重要成分是肽聚糖,而不含纖維素和幾丁質。細菌沒有真正的細胞核,核質分散于細胞質中,稱為原核。
多數細菌在一定條件下,細胞壁周圍包被著一層粘性的薄膜,稱為莢膜。莢膜是一層透明的膠狀物質,由多糖類物質組成,具有保護作用。
有些種類的細菌生長到某個階段,菌體失去水分濃縮成1個橢圓形的內生孢子,稱為芽孢。芽孢的壁很厚,滲透性很弱,含水少能抵抗不良環境,可生存十幾年,遇到適宜環境條件,再發生成1個新的菌體。
螺旋菌和某些桿菌具有鞭毛,鞭毛是一種從細胞質膜上長出并穿過細胞壁的細絲,是細菌的運動工具。