一類形體微小、結構比較簡單、一般要借助于顯微鏡或電子顯微鏡才能觀察到的一大類微小生物的總稱。包括細菌、放線菌、霉菌、酵母菌、原生動物、單細胞藻類、病毒以及立克次氏體、支原體、衣原體、螺旋體等。微生物廣泛分布于自然界，與人類生存密切相關。土壤微生物是肥力的重要因素，并在自然界碳、氮、硫、磷等多種物質的循環中起著重要作用。微生物數量大、繁殖快、代謝及生理類型繁多、易人工培養，已被廣泛應用于工農業生產。例如，除生產菌肥、發酵飼料、抗生素、菌苗、疫苗等農醫產品外，還可生產有機酸、有機溶劑、酶制劑、氨基酸等大量工業產品。無論在食品、釀造、石油、冶金、紡織等工業以及環境保護各方面，均具有重要作用。微生物又是生命科學及生物工程研究的重要組成部分。在研究生命本質、生命活動規律及遺傳進化等方面具有重要研究價值。但有不少微生物能引起人類及動植物病害。