大豆多肽的應用已經得到一定的推廣，但是也存在一些問題。
　　大豆多肽的價格是大豆分離蛋白的5～10倍，作為食品營養添加劑，其應用受到一定制約，所以生產廠商紛紛在“功能”概念上做文章。在大豆多肽推廣的初期，宣傳上從功能入手是必要的，但是，必須了解大豆多肽功能與結構的關系，必須提供與功能相符合的大豆多肽產品。
　　在目前的市場情況下，生產商在推廣大豆多肽時，必須突出和呈現它的功能，而不是僅僅作為“概念”來宣傳，如果不注意這個問題，只要一兩個大產品宣傳的功效不明顯，大豆多肽的應用前景就會暗淡下來。
　　在大豆多肽產品的開發應用過程中，需要把握以下幾個問題：
　　●不要混淆營養添加劑和功能添加劑的概念
　　大豆多肽的應用有兩個方面，一方面是作為營養添加劑，主要應用于氮源營養的強化，并突出其較好的工藝性能，如水溶性、凝膠軟化性等。另一方面是作為功能添加劑，主要作為功能食品的功能因子，所突出的是它所具有的生理調節功能，如減肥、降脂、抗疲勞等。
　　大豆多肽作為營養添加劑的應用也是非常廣泛的，在食品、飲料中的應用具有許多的優勢。但是，不能以營養型的大豆多肽代替功能型的大豆多肽，如果這樣做，就會出現功能不明確，使用量加大，增加使用成本或是產品的口味和感官要求無法滿足等問題。
　　因此，如果要開發某一功能的產品，必須應用具有相對應功能的大豆多肽。
　　●大豆多肽的功能與提取工藝相關聯
　　大豆多肽的功能是與它的分子量分布相關聯的。不同功能的大豆肽，分子量的分布是不一樣的，為了達到功能的最優化，需要采用不同的工藝來制備不同功能的大豆多肽。例如：具有降脂功能的大豆多肽（5000D左右）與抗氧化的大豆多肽（2500D左右），他們的制備工藝就有很大的區別。
　　因此，我們不能用一種分子量分布的大豆多肽來對應大豆多肽所有的功能，用一種生產工藝來生產具有所有功能的大豆多肽。
　　●大規模生產大豆多肽技術尚需完善
　　由于不同功能的大豆多肽的生產工藝并不統一，因此，目前大規模生產還存在一定問題。另外，大規模生產大豆多肽在酶解的工藝、分子量的控制、純化等環節上并不穩定，特別是大規模生產的產品的衛生學指標很難達到國家的有關要求，因此，在選取大規模生產的產品時，要充分了解產品的各項技術指標。