在綠色食品生產中，可以按照國家標準合理使用添加劑，這是因為：除了生、鮮，并在能達到商業無菌的條件中生產、儲存、無包裝的食品外，加工食品都要直接或間接，或多或少的使用食品添加劑，就拿食鹽這一原料為例，我國法定在食鹽中加碘元素，而加入的碘強化劑，就是食品添加劑中的一類。所以，生產綠色食品的企業，尤其是生產加工型產品的企業，可以使用綠色食品生產標準中允許的食品添加劑。
食品添加劑是為了改善食品品質和色、香、味、形、營養價值，以及為保存和加工工藝的需要而加入食品中的化學合成或者天然的物質，綠色食品的加工產品在生產中應該以更高的水平合理使用添加劑，開發出各種花色品種的產品，以滿足消費者的需要。根據目前綠色食品加工企業所反映的問題來看，在食品添加劑的使用上要注意添加量的問題。
　由于對食品添加劑安全性認識的誤區，人們往往認為天然的食品添加劑比人工化學合成的安全，實際許多天然產品的毒性因目前的檢測手段、檢測內容所限，尚不能做出準確的判斷，而且，就已檢測出的結果比較，天然食品添加劑并不比合成的毒性小。
在衛生部出臺的《關于進一步規范保健食品原料管理的通知》中，以下天然的原料禁用：八角蓮、土青木春、山莨菪、川鳥、廣防已、馬桑葉、長春花、石蒜、朱砂、紅豆杉、紅茴香、洋地黃、蟾酥等59種。因此，綠色加工食品的生產中，生產企業在使用天然食品添加劑時一定要掌握合理的用量。
天然食品添加劑的使用效果在許多方面不如人工化學合成添加劑，使用技術也需要有很高的水平，所以在使用中要仔細研究、掌握天然食品添加劑的應用工藝條件，不得為達到某種效果而超標加入。雖然綠色食品的附加值較高，但仍然需要控制產品成本，因為天然添加劑的價格。一般較高，這就要求綠色食品的生產廠家提高自身的研發能力。科學使用天然食品添加劑的復配技術可以減少添加劑使用量和更新產品，食品添加劑的復配可使各種添加劑之間產生增效的作用，在食品行業中稱為“協同效應”，“協同”的結果已不是相加，大多數情況中可以產生“相乘”的結果，可以顯著減少食品中食品添加劑的使用量，降低成本。
最近，我國對于復配型食品添加劑的管理法規可能有重大調整，各綠色食品加工企業不妨相應地進行生產工藝技術的革新，使綠色食品添加劑的使用提高功效。食品添加劑是食品工業中研發最活躍，發展、提高最快的內容之一，許多食品添加劑在純度、使用功效方面提高得很快，例如酶制劑，許多產品的活力、使用功效等年年甚至每季度都有新的進展。所以，綠色食品的加工企業應時刻注意食品添加劑行業發展的新動向，不斷提高產品加工中食品添加劑的使用水平。