一、出入境檢驗檢疫的依據
主要包括以下幾個方面：
(一)法律依據
法律依據主要包括由全國人大及其常委會制定的用以調整出入境檢驗檢疫工作的法律。這些法律有：《中華人民共和國進出口商品檢驗法》、《中華人民共和國國境衛生檢疫法》、《中華人民共和國進出境動植物檢疫法》、《中華人民共和國食品衛生法》、《中華人民共和國刑法》等。這些法律是出入境檢驗檢疫機構從事檢驗檢疫工作的法律依據,其他檢驗檢疫依據都不能與之相違背。
(二)行政法規依據
行政法規依據主要包括由國務院通過的調整出入境檢驗檢疫工作的行政法規及法規性文件。這些行政法規有：《中華人民共和國進出口商品檢驗法實施條例》、《中華人民共和國國境衛生檢疫法實施細則》、《中華人民共和國進出境動植物檢疫法實施條例》等。
(三)規章依據
規章依據主要是指由國家出入境檢驗檢疫局和農業部、衛生部以及原國家商檢局根據法律行政法規制定的調整進出口商品檢驗、國境衛生檢疫、進出境動植物檢疫工作的規章。這些規章在出入境檢驗檢疫工作中是運用最廣泛的。
(四)地方性法規、規章依據
地方性法規規章依據主要是指有立法權的地方人大和政府在不與法律行政法規相抵觸的前提下制定的在本轄區內實施的調整出入境檢驗檢疫工作的地方性法規和規章。
(五)國際條約、國際慣例和貿易合同依據
我國參加制定的有關出入境檢驗檢疫的國際條約也是檢驗檢疫機構檢驗檢疫的依據，但我國聲明保留的條款除外；在國際交往中經過許多國家長期反復實踐后逐漸形成并為各國所接受并承認法律效力的有關出入境檢驗檢疫的行為規則，也是檢驗檢疫的依據；國際貿易雙方簽訂的貿易合同約定的檢驗檢疫條款在不違反法律和社會公共利益的前提下也可以作為檢驗檢疫的依據。
二、我國檢驗檢疫依據具體主要包括以下幾個方面：
(一)進出口商品檢驗依據
根據《商檢法》和《商檢法實施條例》的規定，商檢機構依據下列標準實施檢驗：法律行政法規規定有強制性標準或者其他必須執行的標準的，按照法律行政法規規定的檢驗標準檢驗；法律行政法規未規定有強制性標準或者其他必須執行的檢驗標準的，按照對外貿易合同約定的檢驗標準檢驗；憑樣成交的，應按照樣品檢驗；法律行政法規規定的強制性標準或者其他必須執行的檢驗標準，低于外貿合同約定的檢驗標準的，按照對外貿易合同約定的檢驗標準檢驗；法律行政法規未規定有強制性標準或者其他必須執行的檢驗標準，對外貿易合同又未約定檢驗標準或者約定檢驗標準不明確的，按照生產國標準、有關國際標準或者國家檢驗檢疫局指定的標準檢驗。
對于進口商品檢驗而言，國家法律行政法規沒有規定強制性標準或者其他必須執行的標準，外貿合同對進口商品的品質、規格、包裝條件和抽樣、檢驗方法等有具體規定的，按規定檢驗。此外,外商提供的品質證明書、使用說明書、產品圖紙等技術資料也是進口商品品質檢驗的依據；提單（運單）、國外發票、裝箱單、重量明細單也是進口商品重、數量檢驗的依據；理貨殘損單、溢短單、商務記錄是進口商品驗殘出證的依據。對進口食品按照國家食品監督和檢驗標準的有關規定進行檢驗，對無國家技術標準的參照國際上通行技術標準進行檢驗，對不符合我國技術標準的進口食品，按照《食品衛生法》規定處理。
就出口商品而言，一般按我國標準檢驗。但是，對于出口食品、動物產品以及涉及安全、衛生、環保的商品，除按合同、信用證進行檢驗外，還要根據進口國有關衛生、檢疫等法令進行檢驗。
(二)動植物檢疫依據
1.動植物病蟲害名錄。主要有我國國家規定的動植物檢疫性病蟲害名錄、國際和地區條約及雙邊協議中的動植物病蟲害名錄、外貿合同中制定的動植物檢疫性病蟲害名錄、貿易國動植物檢疫性病蟲害名錄。
2.動植物檢疫性病蟲害檢疫依據。包括動物、植物檢疫操作規程、主管部、局發布的單項動植物檢疫技術規程、管理辦法中的檢疫要求。其他還有動植物檢疫國際或者地區標準及其通行做法，包括《國際獸醫局動物疾病診斷方法和疫苗使用標準手冊》、《國際植物保護公約》規定的有關檢疫措施和辦法、《歐洲檢疫性有害生物》規定的檢疫措施以及《亞洲和太平洋區域植物保護協定》所列的檢疫措施。
3.動植物檢疫性病蟲害處理依據。它是進出口貨物經檢疫發現檢疫性病蟲害或者預防貨物中含有動植物檢疫性病蟲害，在作出相應處理時所遵循的規定和采取的措施。其中動物病蟲害處理包括有關除害處理和出入境動物檢疫處理的有關規定；植物檢疫性病蟲害處理的有關規定；運輸工具處理按《運載動物、動物產品的運輸工具處理標準》和《運載植物、植物產品運輸工具的處理標準》的規定進行。
(三)國境衛生檢疫依據
1.入出境貨物衛生檢疫依據。
(1)一般不易攜帶病媒昆蟲、嚙齒動物、病原微生物的貨物，如礦砂、化肥、鋼鐵及制品、電子產品等工業原料及制成品。
(2)易于攜帶病媒昆蟲、嚙齒動物、病原微生物的貨物，包括：廢舊物品、紡織品原料、原木及其制品、紙類產品、動物及其制品、食品類、水海產品類、蔬菜瓜果類、飲料類和垃圾及人、畜、禽類糞便等。按照《國境衛生檢疫法》第4條的規定對上述貨物進行流行病學調查、現場檢疫和實驗室檢疫。對其中來自檢疫傳染病和監測傳染病疫區被污染或污染嫌疑的貨物、有礙公共衛生的廢舊貨物、攜帶病媒昆蟲和醫學動物的貨物以及腐敗變質的貨物，進行除鼠滅蟲、貨物消毒。并進行相應的衛生學評價（經抽樣檢查不得有致病微生物，病媒昆蟲和嚙齒動物全部死亡）。
2.入出境集裝箱衛生檢疫依據。集裝箱按用途分為普通箱、冷藏箱、干貨箱、圓罐箱和柜架箱。按照《國境衛生檢疫法》第4條、第14條和《國際衛生條例》第49條的規定對上述集裝箱進行流行病學調查、現場檢疫和實驗室檢疫。對符合衛生處理指征的（攜帶有病媒昆蟲和醫學動物的集裝箱，載有腐敗變質貨物、食品的集裝箱，載有廢舊物品、有礙公共衛生物品的集裝箱，來自檢疫傳染病或者監測傳染病疫區、并且裝有易于隱匿、孳生病媒昆蟲、醫學動物物品的集裝箱，被傳染病污染或者有污染嫌疑的集裝箱）貨物進行除鼠、滅蟲和消毒處理，并進行相應的衛生學評價（病媒昆蟲、嚙齒動物全部死亡，細菌總數每平方厘米不超過8個，并不得檢出致病菌）。
3.入出境郵包衛生檢疫依據。對于工業品零部件郵包、食品類郵包、生活品類郵包、藥品郵包等按照《國境衛生檢疫法》第四條的有關規定進行流行病學調查、現場檢疫和實驗室檢疫。對符合衛生處理指征的（來自檢疫傳染病和監測傳染病疫區有污染或者污染嫌疑的郵包、有腐爛變質食品或物品的郵包、有廢舊物品有礙公共衛生的郵包、發現攜帶病媒昆蟲的郵包）進行消毒和除蟲處理，并進行相應的衛生學評價（不得檢出致病微生物、病媒昆蟲全部死亡）。
4.入出境行李衛生檢疫依據。對入出境行李按照《國境衛生檢疫法》第四條的規定進行流行病學調查，包括衛生學檢查的現場檢疫和實驗室檢疫。對符合衛生處理指征的（來自檢疫傳染病和監測傳染病疫區有污染或污染嫌疑的行李、內容物有腐敗變質食品或物品的行李、內容物有病媒昆蟲的行李及有廢舊物品有礙公共衛生的行李）進行消毒除蟲處理并進行相應的衛生學評價。
5.入出境特種物品衛生檢疫依據。特種物品是國家規定不準進口的物品。對于上述物品凡有國家批件的一律放行；凡是沒有國家批件予以封存待國家批件補辦后放行，補辦不來批件的收繳統一處理;凡未經國家批準進口少量上述物品，除外籍人員自用外,一律不準入境;凡有國家批件進口大批量血液制品,可以抽查檢驗是否有HIV抗體,凡陽性者,一律封存,請示上級主管部門再做處理。
6.貨物放射性監測依據。對于來自放射性污染國家和地區的交通工具、貨物和人員，建筑材料、礦石、化礦產品，廢舊物品及其工業垃圾，含放射性物質的儀器、儀表及其器件，交通工具及運輸設備，入出境人員攜帶的物品，可能超過放射性豁免水平的物品等，進行現場放射性監測、采集代表性樣品、進行實驗室檢測，對其中受放射性污染的物品進行相應的處理。
7.入出境人員健康檢查依據。對入出境人員按《國境衛生檢驗檢疫手冊》的有關規定進行健康檢查。