電泳完畢后，可立即將乙醛酰RNA自瓊脂糖凝膠轉移至硝酸纖維素濾膜，有以下幾種轉移方法：毛細管洗脫法、真空轉移法和電印跡法。毛細管洗脫法如下所述， 真空轉移法和印跡法則按有關儀器生產廠家產品說明書進行。盡管有人認為在轉移前對瓊脂糖凝膠進行預處理實屬不必（Thomas，1980）甚至有害（Thomas，1983），
但我們認為含甲醛的凝膠必須用經DEPC處理的水淋洗數次，除去甲醛。 如果瓊脂糖中濃度大于1％或凝膠厚度大于0.5cm或待分析的RNA大于2.5kb，需用0.05mol/L氫氧化納浸泡凝膠20分鐘。 然后在凝膠上放置硝酸纖維素凝膜或尼龍膜，RNA隨向上遷移的緩沖液轉移至固相支持體（硝酸纖維素濾膜或尼龍膜）上。
1）將凝膠移至一個玻璃皿內，用鋒利刀片修凝膠的無用部分，在凝膠左上角（加樣孔一端為上）切去一角，以作為下列操作過程中凝膠方位的標記。
2）用長和寬均大于凝膠的一塊Plexiglas有機玻璃或一疊玻璃板作為平臺，將其放入大千烤皿內，上面放一張Whatman 3MM濾紙，倒入20xSSC使液面略低于平臺表面，當平上方的3MM濾紙溫透后，用玻棒趕出所有的氣泡。
3）用一把新的解剖刀或切紙刀裁一張硝酸纖維素濾膜（Schleicher ＆Schuell BA85或與之相當的產品）。濾膜的長度和寬度應分別比凝膠大1mm， 接觸濾膜時須戴手套或用平頭鑷子（例如Millipore鑷子），用有油膩的手接觸過的硝酸纖維素濾膜不易浸溫。
4）將硝酸纖維素濾膜浮在去離子水表面，直至濾膜從下向上濕透為止，隨后用20xSSC浸泡濾膜至少5分鐘，用干凈的解剖刀片切去濾膜一角， 使其與凝膠的切角相對應。不同批號的硝酸纖維膜，其浸濕速率相差懸殊。如濾膜池浮在水面上幾分鐘后仍未濕透，應另換一張新濾膜，因為未均勻浸濕的濾膜進行RNA轉移是靠不住的。這種濾膜也不必丟棄，可將其夾在用2xSSC浸濕的3MM濾紙中間， 高壓5分鐘。通常上述處理足以使硝酸纖維素濾膜濕透。高壓處理的濾膜應夾在經過高壓理理并用2xSSC浸濕的3MM濾紙中間，裝入塑料袋， 密封后于4℃保存備用。
5）將凝膠翻轉后置于平臺上溫潤的3MM濾紙中央，3MM濾紙和凝膠這間不能滯留氣泡。
6）用Saran包裝膜或Parafilm膜圍繞凝膠周邊，但不是覆蓋凝膠， 以此作為屏障，阻止液體自液池直接流至凝膠上方的紙巾層中。并非堆放得十分整齊的紙巾，易于從凝膠的邊緣垂下并與平臺接觸，這種液流的短路是導致凝膠中的RNA的轉移效率下降的主要原因。
7）在凝膠上方放置溫潤的硝酸纖維素濾膜，并使兩者的切角相重疊。濾膜的一條邊緣應剛好超過凝膠上部加樣孔一線的邊緣。濾膜置于凝膠表面適當位置后，就不應輕易移動，濾膜與凝交之間不應留有氣泡。
8）用2xSSC溶液浸濕兩張與凝膠同樣大小的3MM濾紙， 溫潤的放置在濕潤的硝酸纖維濾膜上方。用玻璃棒趕出其間滯留的氣泡。
9）切一疊（5－8cm高）略小于3MM濾紙的紙巾，將其放置在3MM濾紙的上方。并在紙巾上方放一塊越境玻璃板，然后用－500g的重物壓實。其目的是建立液體自液池經凝膠向硝酸纖維素濾膜的上行流路，以洗脫凝膠中的RNA并使其聚集在硝酸纖維素濾膜上。
10）使上述RNA轉移持續進行6－18小時，每當紙巾浸濕后，應換凝的紙巾。
11）轉移結束后，揭去凝膠上方的紙巾和3MM濾紙，翻轉凝膠和硝酸纖維素濾膜，以凝膠的一面在上，置于一張干的3MM濾約紙上，用一支極軟鉛筆或圓珠筆，在濾膜上標記凝膠加樣孔的位置。
12）從硝酸纖維素濾膜上剝離凝膠棄之。以6x SSC溶液于室溫浸泡濾膜5分鐘，這一步可以除去粘著在濾膜上的瓊脂糖碎片。從6xSSC溶液中取出濾膜，將濾膜上的溶液滴盡后平放在一張紙巾上。于室溫晾干30分鐘以上。為估計RNA的轉移效率， 可將膠置于溴化乙錠溶液（0. 5 μg/ml ， 以0.1mol/L乙酸銨配制）中染色45分鐘，于紫外燈下觀察。
13）將晾干的濾膜放在兩經張3MM濾紙中間，用真空爐于80℃干烤0.5-2 小時。如干烤時間過長，濾膜極易脆裂并可能發黃。如果濾膜并不立即用于雜交實驗，可用鋁箔寬松地包裹起來，在真空下貯存于室溫。
14）僅適用于濾膜上含有乙醛酰PNA的情況：雜交前需用20mmol/L Tris.Cl(pH8.0)于65℃洗膜，除去RNA上的乙二醛分子。