半知菌分類以應用方便為主，不以親緣關系為依據，一般根據孢子梗和孢子的形態及產生方式分類。許多已發現有性世代的半知菌，均已分別歸屬，如青霉菌屬、曲霉菌屬及赤霉菌屬已歸入子囊菌亞門，以下幾屬為仍屬于半知菌亞門的重要代表。
假絲酵母屬（Candida） 細胞圓形、卵形或長形，多邊芽殖形成假菌絲；有的具真菌絲，可形成厚垣孢子，不形成節孢子。無子囊孢子。本屬有的可用于生產酵母蛋白，供食用或飼料用，如產朊假絲酵母（C.wtilis），其蛋白質及維生素B的含量均高于啤酒酵母，熱帶假絲酵母可氧化烴類，以石油為原料可生產酵母蛋白，也可利用工業廢料。白色假絲酵母（C.albicans），醫學上稱白色念珠菌，可引起念珠菌病，為條件致病菌，常見于健康人的口腔及腸道中。
白僵菌屬（Beauveria） 常見的昆蟲寄生菌。寄主范圍很廣，主要侵染幼蟲，有的也見于成蟲。孢子在蟲體表萌發后穿過體壁進入蟲體，致使蟲體僵死，呈白色茸毛狀至粉末狀。分生孢子梗瓶狀，可多次分叉，孢子球狀或卵狀，在密集的孢子梗上成團，形成密實的孢子頭。可用于防治松毛蟲等農林害蟲，但也侵染家蠶，造成養蠶業的重大損失。我國著名的中藥僵蠶，即為白僵菌寄生致死的家蠶幼蟲。白僵菌產生的一種抗生素：卵孢霉素（Oosporin，C14H10O8）是一種抗真菌的抗生素，但對脊椎動物幼體有劇毒，對小麥、燕麥、豆科植物有明顯藥害。人接觸大量白僵菌孢子，能產生類似感冒的短期癥狀。
交鏈孢屬（Alternaria） 菌絲暗褐、灰黑色至黑色。分生孢子梗較短，單生或叢生，大多數不分枝，與營養菌絲幾乎無區別。分生孢子呈紡錘狀或倒棒狀，頂端延長或成喙狀，多細胞，有壁磚狀分隔，常數個成鏈，一般為褐色。尚未發現有性世代。是土壤、空氣、工業材料上常見的腐生菌，有的是栽培植物的寄生菌。某些種可用于甾族化合物轉化。