1.管路阻塞
阻塞是管路的主要故障, 管路完全阻塞，壓力會突然升高，超壓。部分阻塞開始不明顯，不斷滯留在液流中的微粒壓力會慢慢升高，最后完全阻塞。管路阻塞同時會看到接頭或墊圈滲漏，低壓好一些，高壓滲漏明顯。

管路完全或部分阻塞是由下列原因引起的：
①沒有很好過濾流動相；
②樣品中有微粒；
③泵或進樣器墊圈產生碎片；
④預柱、護柱和分析柱中漏出填料；
⑤毛刺和銼屑進入；
⑥流動相中的結晶鹽；
⑦微生物
⑧系統中進入了其它顆粒性物質。

系統中管路阻塞的現象很少見，常見的是燒結過濾片（玻璃砂芯）阻塞。用燒結過濾器或過濾片（孔徑2-10um）能去掉阻塞管路的微粒（如0.25mm管徑）。
用系統分段法檢查阻塞的管路，從后向前分別松開接頭檢查，找到阻塞管路后，應立即拆下來疏導或換新。

如果是非剛性物質阻塞，如生物樣品中的生化物質（蛋白質）、微生物等，可用極細的金屬絲導通，也可以在火頭上燒一燒，使有機物炭化，而后再導通。

如果是剛性物質阻塞，要導通則十分困難，采用反沖的辦法有時能成功。就是將管子調頭用泵沖洗。操作時要注意保護眼睛和裸露的皮膚，因阻塞物會以很高的速度沖出來。
無法導通的管路要換上同樣規格的管子。如果換上新管后又被阻塞，則應該停機檢查上面提到的引起阻塞的幾種原因。

2.管頭損壞
管子切口不平整或密封卡套不平滑都不能密封。要重新切割去壞管頭（包括卡套），
調換新卡套，裝上接頭擠壓卡緊。
大多數滲漏是由接頭引起的，而不是管子問題。

3.接頭故障的預防與解決辦法
幾乎所有的接頭故障都是可以避免的，按下列要求可以有效地預防接頭的故障：
①使用儀器設計時的部件（如同一廠商的部件）；
②使用效果好的接頭部件（如零死體積，即樣品通過時V0=0）；
③按要求組裝和擰緊接頭，不可擰得過緊；
④避免接頭混淆使用，及時作好標記；
⑤使用合格的工具。
組裝/拆卸接頭時要檢查在密封面上有無微粒和無機鹽晶體。這些污染物影響密封性
能，更嚴重的使螺絲咬死。
最后，旋緊接頭時最好用死扳手，保證不咬壞接頭。

平時要準備一些要能用到的各種接頭備件。