分子被電子束轟擊失去一個電子形成的離子稱為分子離子。分子離子用 M+表示。分子離子是一個游離基離子。在質譜圖中與分子離子相對應的峰為分子離子峰。分子離子峰的質荷比就是化合物的相對分子質量, 所以,用質譜法可測分子量。
1、分子離子峰強度
分子離子是質譜圖中最有價值的信息,它不但是測定化合物分子量的依據,而且可以推測化合物的分子式,用高分辨質譜可以直接測定化合物的分子式。 一般來講,從分子中失去的電子應該是分子中束縛最弱的電子,如雙鍵或叁鍵的π電子,雜原子上的非 鍵電子。分子離子的豐度主要取決于其穩定性和分子電離所需要的能量。易失去電子的化合物,如環狀化合物、雙鍵化合物等,其分子離子穩定、分子離子峰較強;而長碳鏈烷烴、支鏈烷烴等正與此相反。各類化合物分子離子穩定性次序大致為:芳香環 (包括芳香雜環) >共軛烯> 烯 > 脂環 > 硫醚、硫酮> 酰胺 > 酮 > 醛 > 直鏈烷烴> 醚 > 酯 > 胺 > 羧酸>腈>伯醇>仲醇>叔醇>高度支鏈烴。芳環 (包括芳雜環) 、 脂環化合物、 硫醚、 硫酮、 共軛烯分子離子峰比較明顯,直鏈酮、 酯、 酸、 醛、 酰胺、 鹵化物等通常顯示分子離子峰,脂肪族醇、胺、 亞硝酸酯、 硝酸酯、 硝基化合物、 腈類及多支鏈化合物容易裂解, 分子離子峰通常很弱或不出現。分子離子峰不出現或豐度極低難以確認,可根據不同情況改變實驗條件予以驗證。將常用的70eV 改變15eV 以減少形成的分子離子繼續斷裂的幾率,降低了碎片離子的豐度,使分子離子峰的相對豐度增加,從而可能辨認出分子離子。降低轟擊電子能量的結果會使儀器的靈敏度下降,雖然分子離子峰的豐度有所提高,但離子的絕對強度降低,一些由于熱不穩定和低揮發性等原因而不出現分子離子峰的化合物,用這種辦法不會得到預期的效果,這時可采取各種軟電離的辦法,雖然碎片離子大量減少,但可以突出分子離子峰。
氣化溫度的降低可以減少分子離子進一步斷裂的可能性,分子離子峰的相對豐度增加。如三十烷烴在340℃時氣化,不出現分子離子峰,改變70℃氣化時分子離子峰的豐度接近基峰。
某些化合物不易揮發或熱穩定性差,可以衍生化處理。例如,可將某有機酸制備成相應的酯,酯容易氣化,而且易得到分子離子峰,由此來推斷有機酸的分子量。解析時一般把譜圖中最高質荷比的離子假設為分子離子,后用分子離子的判別標準一一對比,若被檢查離子不符其中任何一條標準,則它一定不是分子離子;若被檢查離子符合所有條件,則它有可能是分子離子。分子離子的判別可以參考如下標準:(1)分子離子必須是奇電子離子。由于有機分子都是偶電子,所有失去一個電子生成的分子離子必是奇電子離子。(2)是否符合氮規則 (Nitrogen Rule) 。有機化合物的分子量是偶數或奇數與所含有的氮原子的數目有關。凡不含氮原子或含偶數個氮原子的化合物,其分子量必為偶數;含奇數個氮原子的化合物,其分子量必為奇數,這就是所謂的氮規則。(3)合理的中性碎片的丟失。這些中性碎片可能是小分子或者自由基基團。這些中性碎片有著特殊的質量數,m/z最高值與鄰近的碎片離子之間應有一個合理的質量差。例如:M+丟失一個質子H、CH3、H2O,C2H4等是合理的。如果這個質量差落在4~14和21~25之間就是不合理的,也即如果在M-4到M-13的范圍內存在峰,則說明原所假定的分子離子峰不是分子離子峰。