光學(xué)顯微鏡有多種分類(lèi)方法：按使用目鏡的數(shù)目可分為雙目和單目顯微鏡；按圖像是否有立體感可分為立體視覺(jué)和非立體視覺(jué)顯微鏡；按觀察對(duì)像可分為生物和金相顯微鏡等；按光學(xué)原理可分為偏光、相襯和微差干涉對(duì)比顯微鏡等；按光源類(lèi)型可分為普通光、熒光、紫外光、紅外光和激光顯微鏡等；按接收器類(lèi)型可分為目視、數(shù)碼（攝像）顯微鏡等。常用的顯微鏡有雙目體視顯微鏡、金相顯微鏡、偏光顯微鏡、熒光顯微鏡等。
1．雙目體視顯微鏡
雙目體視顯微鏡又稱"實(shí)體顯微鏡"或"解剖鏡"，是一種具有正象立體感地目視儀器。在生物、醫(yī)學(xué)領(lǐng)域廣泛用于切片操作和顯微外科手術(shù)；在工業(yè)中用于微小零件和集成電路的觀測(cè)、裝配、檢查等工作。它利用雙通道光路，雙目鏡筒中的左右兩光束不是平行，而是具有一定的夾角－－體視角（一般為12度－－15度），為左右兩眼提供一個(gè)具有立體感的圖像。它實(shí)質(zhì)上是兩個(gè)單鏡筒顯微鏡并列放置，兩個(gè)鏡筒的光軸構(gòu)成相當(dāng)于人們用雙目觀察一個(gè)物體時(shí)所形成的視角，以此形成三維空間的立體視覺(jué)圖像。
目前體視鏡的光學(xué)結(jié)構(gòu)是：由一個(gè)共用的初級(jí)物鏡，對(duì)物體成象后的兩光束被兩組中間物鏡－－－－變焦鏡分開(kāi)，并成一體視角再經(jīng)各自的目鏡成象，它的倍率變化是由改變中間鏡組之間的距離而獲得的，因此又稱為"連續(xù)變倍體視顯微鏡"（Zoom-stereomicroscope）。隨著應(yīng)用的要求，目前體視鏡可選配豐富的選購(gòu)附件，如熒光，照相，攝象，冷光源等等。
2．金相顯微鏡
金相顯微鏡是專(zhuān)門(mén)用于觀察金屬和礦物等不透明物體金相組織的顯微鏡。這些不透明物體無(wú)法在普通的透射光顯微鏡中觀察，故金相和普通顯微鏡的主要差別在于前者以反射光，而后者以透射光照明。在金相顯微鏡中照明光束從物鏡方向射到被觀察物體表面，被物面反射后再返回物鏡成像。這種反射照明方式也廣泛用于集成電路硅片的檢測(cè)工作。
3．偏光顯微鏡（Polarizingmicroscope）
偏光顯微鏡是用于研究所謂透明與不透明各向異性材料的一種顯微鏡。凡具有雙折射的物質(zhì)，在偏光顯微鏡下就能分辨的清楚，當(dāng)然這些物質(zhì)也可用染色法來(lái)進(jìn)行觀察，但有些則不可能，而必須利用偏光顯微鏡。將普通光改變?yōu)槠�振光進(jìn)行鏡檢的方法，以鑒別某一物質(zhì)是單折射（各向同行）或雙折射性（各向異性）。雙折射性是晶體的基本特性。因此，偏光顯微鏡被廣泛地應(yīng)用在礦物、化學(xué)等領(lǐng)域，在生物學(xué)和植物學(xué)也有應(yīng)用。
4．熒光顯微鏡
熒光顯微鏡是用短波長(zhǎng)的光線照射用熒光素染色過(guò)的被檢物體，使之受激發(fā)后而產(chǎn)生長(zhǎng)波長(zhǎng)的熒光，然后觀察。熒光顯微鏡廣泛應(yīng)用于生物，醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域。
熒光顯微鏡一般分為透射和落射式兩種類(lèi)型。透射式：激發(fā)光來(lái)自被檢物體的下方，聚光鏡為暗視野聚光鏡，使激發(fā)光不進(jìn)入物鏡，而使熒光進(jìn)入物鏡。它在低倍情況下明亮，而高倍則暗，在油浸和調(diào)中時(shí)，較難操作，尤以低倍的照明范圍難于確定，但能得到很暗的視野背景。透射式不使用于非透明的被檢物體。落射式：透射式目前幾乎被淘汰，新型的熒光顯微鏡多為落射式，光源來(lái)自被檢物體的上方，在光路中具有分光鏡，所以對(duì)透明和不透明的被檢物體都適用。由于物鏡起了聚光鏡的作用，不僅便于操作，而且從低倍到高倍，可以實(shí)現(xiàn)整個(gè)視場(chǎng)的均勻照明。
目前許多新興生物研究領(lǐng)域應(yīng)用到熒光顯微鏡，如基因原位雜交（FISH）等等。
5．相襯顯微鏡（Phasecontrastmicroscope）
在光學(xué)顯微鏡的發(fā)展過(guò)程中，相襯鏡檢術(shù)的發(fā)明成功，是近代顯微鏡技術(shù)中的重要成就。我們知道，人眼只能區(qū)分光波的波長(zhǎng)（顏色）和振幅（亮度），對(duì)于無(wú)色通明的生物標(biāo)本，當(dāng)光線通過(guò)時(shí)，波長(zhǎng)和振幅變化不大，在明場(chǎng)觀察時(shí)很難觀察到標(biāo)本。 相襯顯微鏡利用被檢物體的光程之差進(jìn)行鏡檢，也就是有效地利用光的干涉現(xiàn)象，將人眼不可分辨的相位差變?yōu)榭煞直娴恼穹�差，即使是無(wú)色透明的物質(zhì)也可成為清晰可見(jiàn)。這大大便利了活體細(xì)胞的觀察，因此相襯鏡檢法廣泛應(yīng)用于倒置顯微鏡中。
6．微分干涉對(duì)比顯微鏡（DifferentialinterferencecontrastDIC）
微分干涉對(duì)比鏡檢術(shù)出現(xiàn)于60年代，它不僅能觀察無(wú)色透明的物體，而且圖象呈現(xiàn)出浮雕壯的立體感，并具有相襯鏡檢術(shù)所不能達(dá)到的某些優(yōu)點(diǎn)，觀察效果更為逼真。微分干涉對(duì)比鏡檢術(shù)是利用特制的渥拉斯頓棱鏡來(lái)分解光束。分裂出來(lái)的光束的振動(dòng)方向相互垂直且強(qiáng)度相等，光束分別在距離很近的兩點(diǎn)上通過(guò)被檢物體，在相位上略有差別。由于兩光束的裂距極小，而不出現(xiàn)重影現(xiàn)象，使圖象呈現(xiàn)出立體的三維感覺(jué)。
7．倒置顯微鏡（Invertedmicroscope）
倒置顯微鏡是為了適應(yīng)生物學(xué)、醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域中的組織培養(yǎng)、細(xì)胞離體培養(yǎng)、浮游生物、環(huán)境保護(hù)、食品檢驗(yàn)等顯微觀察。
由于上述樣品特點(diǎn)的限制，被檢物體均放置在培養(yǎng)皿（或培養(yǎng)瓶）中，這樣就要求倒置顯微鏡的物鏡和聚光鏡的工作距離很長(zhǎng)，能直接對(duì)培養(yǎng)皿中的被檢物體進(jìn)行顯微觀察和研究。因此，物鏡、聚光鏡和光源的位置都顛倒過(guò)來(lái)，故稱為"倒置顯微鏡"。
由于工作距離的限制，倒置顯微鏡物鏡的最大放大率為60X。一般研究用倒置顯微鏡都配置有4X、10X、20X、及40X相差物鏡，因?yàn)榈怪蔑@微鏡多用于無(wú)色透明的活體觀察。如果用戶有特殊需要，也可以選配其它附件，用來(lái)完成微分干涉、熒光及簡(jiǎn)易偏光等觀察。
目見(jiàn)倒置顯微鏡廣泛應(yīng)用于patch-clamp,transgeneICSI等領(lǐng)域。
8．?dāng)?shù)碼顯微鏡
數(shù)碼顯微鏡是以攝像頭（即電視攝像靶或電荷耦合器）作為接收元件的顯微鏡。在顯微鏡的實(shí)像面處裝入攝像頭取代人眼作為接收器，通過(guò)這種光電器件把光學(xué)圖像轉(zhuǎn)換成電信號(hào)的圖像，然后對(duì)之進(jìn)行尺寸檢測(cè)、顆粒計(jì)數(shù)等工作。這類(lèi)顯微鏡可以與計(jì)算機(jī)聯(lián)用，這便于實(shí)現(xiàn)檢測(cè)和信息處理的自動(dòng)化，多應(yīng)用于需要進(jìn)行大量繁瑣檢測(cè)工作的場(chǎng)合。
目前出現(xiàn)一種便攜式數(shù)碼顯微鏡照相機(jī)，簡(jiǎn)稱數(shù)微相機(jī)。它將顯微鏡和數(shù)碼相機(jī)相結(jié)合，以同時(shí)達(dá)到顯微鏡觀察（Micro preview）和顯微攝影（Micro photography）的要求。最高物鏡顯微倍率可達(dá)150X，機(jī)身小巧，便于攜帶，自備光源，可運(yùn)用于多種場(chǎng)合。可直接與計(jì)算機(jī)、打印機(jī)（不需要電腦）、電視（不需要電腦）聯(lián)用。