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在操作高效液相色譜時，流動相出現氣泡，由于氣泡的存在，會造成色譜圖上出現尖銳的噪聲峰，嚴重時會造成分析靈敏度下降；氣泡變大進入流路或色譜柱時會使流動相的流速變慢或不穩定，使基線起伏。造成上述現象的主要原因有三條： 一是流動相溶液中往往因溶解有氧氣或混入了空氣而形成氣泡； 二是系統開始工作時未能將流路中的空氣驅趕干凈；
而液相色譜儀在使用中，整個液路系統有兩個地方易產生氣泡！
氣泡產生的原因大多數是因為： 溫度上升，壓力下降！溫度上升或柱溫上升，當接近試劑沸點時，試劑汽化產生氣泡，試劑中已含微小氣泡，因加熱變大而產生氣泡。
1、泵頭 泵頭是壓力變化最劇烈的地方，也是最易產生氣泡的地方，泵頭靠負壓而吸液，而負壓必然使流動相中的小氣泡長大，當泵腔變正壓時，已長大的氣泡未必能全部變小流入后續液路，則泵腔內將積存氣泡，從而影響吸液精度，鑒于此，泵頭上專門設計了排氣閥，便于泵頭排氣，觀察柱壓穩定了說明泵頭排氣成功。 2、吸液白管長氣泡。 a、吸液白管接觸空氣部位漏氣，產生可見氣泡，吸液白管是常壓和負壓交臂變化部位，其漏表現為大氣進入白管內，而不易見到管內液體漏出。 處理方法：更換白管。 b、濾頭堵：濾頭堵使得液體流入濾頭的速度下降，泵強制吸液而產生真空氣泡。 判斷：拔掉濾頭不再長氣泡則是濾頭堵。 處理：A、30%硝酸水液超洗濾頭，20分鐘左右。B、水超洗濾頭，注意換水多超幾次。 c、流動相汽化產生氣泡。 尤其是夏天室溫高，沸點低的試劑易汽化，比如：乙酸，乙醚，氨水，石油醚等易于汽化。
二、檢測流通池長氣泡
常用的脫氣方法有以下幾種： 1、吹氦脫氣法 使用在液體中比空氣溶解度低的氦氣，在0.1Mpa壓力下，以約60ml/min流速通入流動相10-15min以驅除溶解的氣體。此法使用于所有的溶劑，脫氣效果較好，但在國內因氦氣價格較貴，本法使用較少； 2、加熱回流法 此法的脫氣效果較好； 3、抽真空脫氣法 此時可使用微型真空泵，降壓至0.05-0.07MPa即可除區溶解的氣體。顯然使用水泵連接抽濾瓶和G4微孔玻璃漏斗可一起完成過濾機械雜質和脫氣的雙重任務。由于抽真空會引起混合溶劑組成的變化，故此法適用于單一溶劑體系脫氣。對多元溶劑體系應預先脫氣后再進行混合，以保證混合后的比例不變； 4、超聲波脫氣法 它是目前實驗室使用最廣泛的脫氣方法，將配制好的流動相連同容器一起放入超聲波水漕中脫氣10-20min即可。該方法操作簡便，基本能滿足日常分析的要求； 5、在線真空脫氣法 把真空脫氣裝置串聯到儲液系統中，并結合膜過濾器，實現了流動相在進入輸液泵前的連續真空脫氣。此法的脫氣效果明顯優于上述幾種方法，并適用于多元溶劑體系； 其二，在液相色譜系統開始工作前，可以用注射器連接恒流泵的排空閥，抽入流動相，將流路中的空氣驅趕干凈。 其三，在注入樣品前注意排出樣品注射器中的空氣。
三是在注入樣品時不注意混入了空氣。
1、泵頭吸液白管;
2、檢測口流通池。
壓力下降產生氣泡，流動相中一直包含微小氣泡，無論超聲過濾，均不能池底去掉它，那么當壓力下降時，微小氣泡將長大，且多個小氣泡易聚集成大氣泡，而影響正常實驗。
氣泡產生原因及解決辦法
一、泵頭及吸液白管
處理：超聲，降室溫。
流通池是易積存氣泡的地方，其對基線影響巨大，流動相流入色譜柱后，壓力越來越小，微小氣泡將逐漸長大，而流通池截面積遠大于鋼管面積，則氣泡在池內易長大，氣泡的特點是長大在無外壓的情況下，很難縮小到鋼管內經以下流出流通池，所以它就存在了池內。
處理方法：
1、對于示差檢測器（示差檢測器池只能耐幾個公斤壓力），只能是反復沖洗斥資，舉高廢液瓶靠廢液管內液柱給池加一個微小反壓，所以這就靠成了示差池子排氣困難些，但無它法。
為了避免這類問題的出現，液相色譜實際分析過程中必須重視對流動相進行脫氣處理。
