DGGE、CGGE和TGGE三種方法是基于相同的原理而設計的突變檢測方法，它仍均是根據DNA的解鏈特性而設計。對于同一定序列組成或的DNA片段來說，它具有恒定的解鏈溫度（Tm），但若其序列發生改變時，Tm值亦發生改變，在含有變性因素（變性劑，高溫）的凝膠半進行電泳，當其比鏈解開形成分叉時，電泳遷移的速度就會改變。Tm值主要取決于DNA的堿基組成，序列中出現單堿基替換時，Tm亦發生改變，電泳遷移率亦改變，此即DGGE、CDGE及TGGE鑒定突變的技術基礎。

1、變性梯度凝膠電泳（denaturing gel gradient electrophoresis，DGGE）

DGGE是檢測基因突變故為精確的方法，它不僅可檢測單一片段的單點突變，對多點突變的檢測亦較容易，該方法與PCR技術相結合，使其能非常快速的對大量標本進行分析。

對于一DNA片段來說，其Tm值與基堿基組或有關，當其堿基組成發生變化時，Tm值亦改變，因此，對于突變的片段來說，若其在一變性物質線性梯度增加的凝膠上進行電泳時，隨著變性劑濃度的增加，當這種濃度達一定值時突變的DNA片段發生解鏈而形成分叉，其電泳遷移速度變慢。因此突變的DNA片段與正常的DNA片段電泳的遷移位置有差別，研究證明DGGE可檢出任何糞型的單堿基取代，如果將突變型與正常的DNA片段形成異源雙鏈時，其敏感性大大提高。

2、恒定變性膠電泳（Constant deratarared gel electrophoresis，CDGE）

CDGE是DGGE基礎上發展起來的基因突變檢測技術，亦是利用突變基因與正常基因片段間Tm值的差異來檢測突變的方法，該方法與DGGE的區別在于聚丙烯酰胺中的含的變性劑濃度相當于含突變基因片段的Tm值，而且濃度恒定，而不是線性遞增。為了提高DGGE和CDGE的檢測敏感性，通常在一側引物的5'端設計一含GC的區域（GC-ClampGC鉗），避免了DNA的完全解鏈，從而提高了突變的檢出率，可達100%。

3、溫度梯度凝膠電泳（Temperature gradient gel electrophoresis，TGGE）

該方法是將PCR擴增的產物量一中性聚丙烯酰胺凝膠上，在一溫度線性梯度上升的電場中進行電泳，當DNA雙鏈到達其Tm時，雙鏈解開，形成分叉，而影響電泳遷移率，突變的擴增產物其Tm值與野先型有明顯不同，因而有不同的解鏈區，從而造成電泳遷移效率的差別，據此可判斷檢材中DNA有無突變。

由于DGGE及TGGE能區分不同DNA的堿基構成，所以也越來越多地運用到分析環境中微生物的群落結構。