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熒光定量PCR儀選擇的誤區

放大字體  縮小字體 發布日期:2024-01-19  來源:制藥網
核心提示:熒光定量PCR 因操作方便、運行速度快、實驗結果準確,受到越來越多的分子生物學研究者青睞。在實驗技術成熟的今天,也許對你

熒光定量PCR 因操作方便、運行速度快、實驗結果準確,受到越來越多的分子生物學研究者青睞。在實驗技術成熟的今天,也許對你來說,最難的不是實驗技術上的問題——而是選擇哪一種熒光定量PCR儀——你要征詢實驗室成員的意見、分析實驗室目前乃至將來的需求、平衡實驗室的預算,更要詳細研究各種極富誘惑力的宣傳資料。面對各種不同性能的產品,您又該如何選擇呢?
首先建議大家走出認識熒光定量PCR的兩個誤區:
誤區一:儀器通道越多越好
隨著PCR技術的成熟運用,多重擴增越來越熱鬧,熒光定量PCR儀也不能幸免。從最初ABI公司推出的單通道熒光定量PCR儀發展到如今各個廠家都推出4通道、5通道甚至6通道熒光定量PCR儀,眼花繚亂的選擇讓人無所適從,就有人一不小心走進了“通道越多越好”的誤區。
在使用有些廠家5通道的熒光定量儀時,為了確保實驗結果的準確性都要在實驗中使用ROX(一種熒光染料)或Reference dye,這些熒光染料都必須單獨使用一個檢測通道。這樣以來,真正能檢測多重PCR熒光信號的有效通道只有4個,而且使用校正染料可能會增加后期的使用成本。有的熒光定量PCR的檢測通道是只為自已廠家的的熒光染料或試劑開放的,有效檢測通道也絕非像宣傳資料中宣稱的那么多。在購買前確認熒光定量PCR儀器的有效檢測通道尤為重要,不能單單只聽宣傳。
考慮多重熒光定量PCR的通道數的時候也應該從實驗室實際情況出發,多重PCR并非人人適用、人人可用,因為它使實驗復雜化了。
誤區二:real-time PCR儀無需梯度功能
對于使用染料法的定量PCR反應,雖然有各種各樣的PCR引物設計軟件或者經驗公式計算熔解溫度(Tm值),但運用的公式不同、引物序列不同,Tm值的差異會很大。引物的熔解溫度決定了退火溫度。而且模板中堿基的組合千變萬化,對于特殊片斷,經驗公式得到的數據不一定能得出準確的結果,退火溫度細微的差異對結果都可能產生決定性的影響,因而“摸條件”一度是讓人很頭疼的問題。梯度PCR的出現部分解決了一些問題——在反應過程中每個孔的溫度控制條件可以在范圍內按照梯度變化,根據結果,一步就可以摸索出的反應條件。
不單退火溫度,連變性溫度和延伸溫度都可以優化——對于多種聚合酶混合酶擴增如Invitrogen、Clontech、Promega的多數高保真Taq酶來說這個非常重要,因為Taq和校正酶的反應溫度可能有顯著差異,優化延伸溫度就顯得很重要。
使用有梯度功能的熒光定量PCR可以一次完成以往多次實驗才能完成的優化過程,簡化了摸索PCR反應條件的繁瑣實驗,既節省實驗時間,又節省實驗成本。

編輯:songjiajie2010

 
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