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在食品生產加工企業中，影響食品安全質量的因素并不少，重要的是找到微生物污染入侵的來源。如生產丁藝中的原料、水源、罐裝設備、管道（造成二次污染）空間環境等，在這些微生物容易滋生的發源地，如何有效的遏制食品污染，關鍵要從它的污染源和途徑入手。
一般工廠的清潔流程為：
食品工廠選擇正確的清洗和消毒流方法為重要。
一般工廠的清潔流程為：
第一步，去除大塊污垢。
尤其是在肉類或者休閑食品企業，生產結束后，在設備的表面往往存在肉眼可見的大塊污垢，需要使用刷子或者鏟子先進行大塊污垢去除操作，這可以為后面的清洗工作減輕消耗與壓力。
然而，在工廠實際清潔作業中，這一步經常被忽略，員工往往直接采用高壓水槍沖洗，或者直接使用堿性的清洗劑清洗。這需要我們對員工進行正確指引。
第二步是預沖洗，沖洗掉剩余殘渣。
沖洗時，需要根據污垢的類型，選擇合適的沖洗溫度。如果是脂肪類，需要使用熱水進行沖洗，熱水的溫度不需要太高，只需控制在51℃左右即可。如果是蛋白質含量較高的表面，則不需要使用太高的溫度來沖洗，以免引起蛋白質變性，造成頑固污漬。
第三步是使用清潔劑來清除污垢。
根據污垢的類型、污垢的輕重程度、被清洗表面的材質、配套的設備來選擇清潔劑，一般采用的清潔劑是泡沫清洗劑，噴灑泡沫要注意覆蓋的廣度、反應的時間。
建議定期采用酸性泡沫清洗劑去除無機污垢、每天采用堿性清潔劑進行清洗。
第四步是沖水。
用水將泡沫清潔劑帶出的污垢和化學品一起沖洗干凈。沖水采用常溫水進行沖洗即可。如果溫度過高，在一些沒有進行衛生設計的車間現場容易形成冷凝水，進而造成二次污染。
第五步是噴消毒劑。
在前面的五步已經達到了95%的衛生水平，剩下的5%就是對表面微生物進行殺滅。這里需要注意，在清洗干凈的表面，消毒劑才能發揮較好的微生物殺滅作用，而在一個未被清洗干凈的表面上使用消毒劑，是達不到相應的殺菌效果的。
第六步是沖水。
表面消毒劑沖洗干凈至PH值中性。
