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小作坊生產許可證有很多限制，有些產品因為保質期太短這個硬傷，無法滿足辦理食品生產許可證的要求，只能考慮辦理小作坊生產許可證。
除此之外，由于省內小作坊生產許可證只能申請的產品種類很受限制，不能進入超市，不能網絡銷售，不能跨區域銷售，至多能在本縣銷售，并且小作坊生產許可證的條件其實并不怎么低，一二百平方的生產場地很多時候并不能辦理小作坊生產許可證，還有就是現實中很多地方無法受理。
一、依據不同
1、許可依據的一般法規和規章等不同：
食品企業許可依據的是食品生產許可管理辦法，食品小作坊依據的是省食品安全條例。
2、申請人的主體資格范圍不同：
食品企業申請人是企業法人、合伙企業、個人獨資企業、個體工商戶等均可，小作坊只可以是個體工商戶。
3、申請許可的食品類別不同：
食品企業可申請食品類別32類，小作坊申請類別各省也不盡相同。
小作坊一般規模較小，而企業一般規模較大。但是這也不是絕對的，因為在食品安全法中并沒有規定食品生產企業的規模，只要符合國家規定，都是可以取得相應的許可。
另外生產企業成本較高，所以一般情況下規模是大于小作坊的。食品生產企業因為取得了食品生產許可證才稱為食品生產企業，而小作坊并不一定。
除此之外食品安全法中并沒有規定小作坊的許可，只是要求各省市自行出臺管理規定，而部分省份至今沒有出臺小作坊管理辦法。所以有一部分地區的小作坊是處于無許可經營的。
二、小作坊食品加工許可證辦理主要有以下幾方面困難
1、生產場地：
取食品生產許可證對生產場地的選址，工藝流程，要求人流物流要分開防止交叉污染，配備消毒設備，通風系統，采光等都有嚴格要求。
2、生產人員：
食品生產許可證審核，要求必須要有實驗室,滿足產品出廠檢驗要求。化驗員執證上崗，所以需要企業自己去培訓化驗員。
3、設備設施：
取證有明確的生產設備和檢測設備要求，而小作坊對這些設備的投入費用一般都很難承擔。
三、什么情況下，只能辦理小作坊生產許可證
根據經驗只有一種情況，產品在小作坊的受理范圍，保質期太短，一般是幾天時間，銷售渠道是本地銷售，保質期這個問題也不想通過工藝來改正，因為這樣成本增加，會造成產品市場競爭力太差，因為銷售對象的定位比較低。
比如豆腐加工，銷售給本地批發商在集貿市場銷售，因為保質期一般不超過1天。
四、小作坊生產許可證的發證范圍
如：小麥粉；
面粉：大米；
淀粉及淀粉制品（淀粉制品）：粉條、粉皮、粉絲；
豆制品(非發酵性豆制品)：豆腐、豆腐皮、豆腐干；
食用植物油（半精煉）：小磨香油；
糕點：除面包、裱花蛋糕、月餅以外的糕點；
炒貨食品及堅果制品：炒花生、炒瓜子等堅果炒貨食品；
其他糧食加工品(谷物碾磨加工品)：玉米糝、玉米粉。
目錄之外的產品是不受理小作坊生產許可證的，如果您生產的產品不在這個目錄范圍，保質期也比較短，只能選擇提高生產條件，改進工藝，滿足食品生產許可證的辦理要求，否則您不能獲取生產資質，不能進入市場。
食品相關的規定，就是要讓一部分不具備條件或者條件不太好的從業者清理出去，保證食品安全。
五、禁止食品生產加工小作坊生產加工下列食品
1、乳制品、白酒、罐頭制品、果凍等食品；
2、專供嬰幼兒、老年人、病人、孕產婦等其他特定人群的食品；
3、聲稱具有特定保健功能的食品；
4、省人民政府規定的禁止生產的其他食品。
六、其他問題
這里提到的小作坊生產許可證，僅僅指的是生產或者加工食品規模比較小的商戶，其他產品沒有小作坊這樣的說法。
其實，小作坊生產許可證需要提交的材料同食品生產許可證相比并未精簡太多，只是面積和檢驗報告之類的環節要求比較簡單，但是銷售渠道和所經營的食品加工的種類是有限制的，所以需要各位從業者根據自身的情況具體抉擇。
現做現賣的個體工商戶，就是提供外賣的商戶，不需要辦理小作坊生產許可證，也不需要辦理食品生產許可證，但是前提是只能現做現賣，不能再批發給其他批發商，不能網絡銷售，就是只能銷售給消費者，只能銷售給普通人。
七、辦理食品生產許可證需要準備的材料
1、有效期內名稱預先核準通知書（或營業執照）復印件；
2、法定代表人、負責人或投資人的資格證明或身份證復印；
3、經備案的企業標準（無國家標準企業采用的企業標準）；
4、生產加工場所有關情況、平面圖（標尺寸、面積等主要參數）及其有權使用證明材料（房產證、土地使用證或租賃合同）；
5、周圍環境平面圖；
6、各功能間布局圖復印件（標尺寸、面積等主要參數）；
7、設備布局圖；
8、工藝流程圖（附關鍵參數說明）；
9、當地環保部門核發的符合要求的證明文件復印件(環境影響批復及驗收報告或環保主管部門出具的證明文件)；
10、產品出廠檢驗報告、原始記錄、產品比對實驗報告、委托檢驗協議及報告；
11、產品使用說明書或產品標簽；
12、各項質量安全產管理制度文本及清單；
13、生產設備、檢驗設備清單及有權使用證明(購買憑據、合同或企業自我承諾書)；
14、現行有效的國家、地方、行業標準清單及文本；
15、生產過程中所需的各種規程、作業指導書等工藝文件；
16、原輔材料、包裝材料、食品添加劑等產品供應商的生產許可證、營業執照、合格檢驗證明或報告；
17、申請書格式文本；
18、各項企業質量安全記錄（與質量安全管理制度相對應）；
19、其它相關證明文件（如：員工健康證、檢驗員證等）。
食品生產許可證的廠房面積達到500平以上就滿足了基本的辦證要求。
