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第二方審核是由顧客對供方進行的審核。審核結果通常作為顧客采購的決策依據。
第二方審核時應先考慮采購產品對最終產品質量、環境、健康安全或使用的影響程度后確定審核方式、范圍，還應考慮技術與生產能力、價格、交貨及時性、服務等因素。
常見第二方審核方式有：采購產品管理體系審核、采購產品質量/安全審核、采購產品過程質量審核和采購產品特殊要求審核等。
第二方審核范圍由審核方式決定，可以包括與采購產品有關的所有過程、場所、部門。
其基本流程如下：
1、供方調查比選
第二方應先調查市場上所有同類產品的供方，并進行初步比選。比選時應考慮產品質量、環保、安全、價格、交貨期、聲譽、服務、技術和生產能力等因素，比選后，至少確定兩家以上同類產品的供方。
2、確定體系審核標準
根據采購產品的要求及供方狀況，參照選定管理體系標準要求，制定管理體系審核標準，該標準應經第二方的分管領導批準。
3、通知供方
第二方應將體系審核標準及要求通知供方，并留足夠時間讓其準備。供方表示接受后，第二方成立審核組，編制審核計劃，準備表格、記錄等工作文件。必要時派入幫助供方建立體系。
4、實施現場審核
第二方按照審核標準和計劃到供方處進行現場審核。
5、提交審核報告
現場審核結束后，應提出審核報告，報告中應對供應方作出審核結論。審核結論有合格、待定、不合格三種。
6、采購（簽訂合同）決策
經審核評定為合格的，可發出訂單或簽訂采購合同；
評定為待定的，經整改審核符合后再發出訂單或簽訂采購合同；
評定不合格的，不發訂單或不簽訂合同，但應說明理由，并向其提供審核報告。
7、確定控制類型
對合格的供方，第二方應確定控制類型，并實施跟蹤審核或派人現場監控。
